R软件及编程应用第一讲介绍.pptVIP

* * 常用R程序包(III) picante 群落系统发育多样性分析 raster 栅格数据分析与处理 seqinr DNA序列分析 sp 空间数据处理 spatstat 空间点格局分析，模型拟合与检验 splancs 空间与时空点格局分析 stats R统计学包 SDMTools 物种分布模型工具 vegan 植物与植物群落的排序，生物多样性计算 CRAN Task Views： 对程序包的分类介绍 CRAN Task Views 6.3 程序包的安装（1） 首先查看所有已安装的R包的清单，可以采用pachages(all. available=T)或library()命令查看。 6.3 程序包的安装（2） 若需要的安装包不在查看列表中，就需要对指定程序包进行安装。（也可以用library（ISwR）查看） 方法一、用函数install.packeges()：如果已经连接到互联网，在括号中输入要安装的程序包名称，选择镜像后，程序会自动下载并安装程序包。 例如，要安装ISwR包，在控制台中输入install.packeges (ISwR) ，输入如下： 方法二、通过本地zip包进行安装 路径：Packagesinstall packages from local files，选择本地磁盘上存储zip包的文件夹。 6.4 程序包的使用 （1）R程序包内容的查看（在控制台中使用命令直接查看） 方法一：help(package=“包名称”)。 方法二：library(help=“包名称”)。 方法三：ls(“package:包名称”)。 例如：在R’控制台中输入如下三个命令help(package=“ISwR”)、library(help=“ISwR”)、ls(“package:ISwR”)都会得到如下的输出结果。 6.4 程序包的使用 （2）R程序包中函数的使用 程序包中的函数，都需要先导入，再使用，因此导入程序包是第一步。此时程序包中函数的用法与R内置的基本函数用法一致。 例如：在我的R软件中已经加载的ISwR程序包，先用library(ISwR) 命令导入程序包，然后调用ISwR中的函数。 注释：在R控制台中直接输入函数名称，会得到此函数定义的源代码 例如： 注：如果不先用library(ISwR)命令导入包，直接调用ISwR中的函数，会出错。 6.5 帮助文件（1） （1）R程序包的帮助文件：程序包中有哪些函数，具体功能有哪些，查询程序包内容最常用方法： 方法一：菜单 帮助Html帮助。 方法二：查看pdf帮助文件 6.5 帮助文件（2） （1）函数的帮助文件：函数默认值是什么，怎么使用，使用时需要注意什么问题。查询函数帮助方法： 方法一：？函数名，例如？t.test。 方法二：RguiHelpHtml help。 方法三：apropos(“函数名”)，例如：apropos(“t.test”) 方法四：help(“函数名”)，例如：help(“t.test”) 方法五：help.sear(“函数名”)，例如：help.sear(“t.test”) 方法六：查看R包pdf手册 R帮助文件的内容和格式 帮助文件的内容 lm{stats} #函数名及所在包 Fitting Linear Models #标题 Description #函数描述 Usage #默认选项 Arguments #参数 Details #详情 Author(s) #作者 References #参考文献 Examples #举例 参考书籍 谢谢！欢迎批评指正。 * * * * * * * * * * 输出结果：[1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 * * * * 注释 （2）R中变量的命名规则： a、变量名可以有字母、数字和点号构成。 b、不能以数字为开头，数字后也不能跟点号。 c、尽量避免以点号开头的变量名。一个典型的变量名可以是height.1yr，用来描述1岁儿童的身高。 d、变量名区分大小写。例如WT和wt表示不同的变量名。 e、避免已被系统使用的变量名，以免混淆。 思考：R中变量命名规则是否与C语言中一致？？ 4、简单示例 4.2 赋值（2） 4、简单示例 4.3 向量运算（1） （1）向量构造方法：统计数据的首要任务是把数据组合在一起，组合在一起的数据通常用向量来表示。在C语言中用数组来表示，在R语言中用向量表示。向量的构