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数据处理流程 计算机集群 测序控制PC 测序仪 1.控制测序过程 决定测序长度、填加试剂、控制温度、控制反应时间、拍照 2.图像分析 对测序仪拍照的图片进行图像分析，得到亮点的光强度和坐标 3.basecalling 由光强度得到碱基序列 4.数据传输 将basecalling结果（二进制文件bcl）传输到计算机集群的存储上 5.数据处理 将bcl文件转化为后续信息分析所使用的文本文件（fastq,qseq） 6.index拆分 7.数据质量分析 8.数据备份 9.后续信息分析...... Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile 5.2.0.0. Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 图像分析及basecalling基本原理 1 2 3 4 C C C C G G G T T A A A Cycle1 Cycle2 Cycle3 对A发出的光拍照 对C发出的光拍照 对G发出的光拍照 对T发出的光拍照 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile 5.2.0.0. Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 图像分析及basecalling基本原理 1 2 3 4 T C C A A T G C A C G G Cycle1 Cycle2 Cycle3 由4个cluster得到4条序列： ① ATA... ② CCT... ③ GCG... ④ GAC... Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile 5.2.0.0. Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 图像分析 对每个图片独立的处理 图像锐化 对图片进行快速傅里叶变换(FFT)，在傅里叶空间乘以滤波函数后反变换 识别cluster/亮点 信噪比(亮度/背景值)大于阈值的亮点区域 计算亮点光强度和位置坐标 在亮点区域，对光强度进行二维插值，求出最大光强度，以及最大光强度对应的位置坐标 将同一个tile的所有图片中的亮点坐标对齐重叠 不同图片之间存在偏移/拉伸/压缩(offset) 系统、稳定的： 4种光折射率不同、滤波片不同、光路不同，所以造成成像的偏移/拉伸/压缩，可利用crosstalk，计算出偏移/拉伸/压缩的数值(offset参数) 偶然、随机的： flowcell表面不平、自动调整焦距、机械移动不够精确、随机振动，可利用crosstalk解决 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile 5.2.0.0. Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Crosstalk AC光谱间有交叠，GT光谱间有交叠，所以： 　　　碱基A的图片中包含C发出的光 　　　碱基C的图片中包含A发出的光 　　　碱基T的图片中包含G发出的光 不利：不能直接比较光强度大小而得到碱基 有利：利用图片中共同的亮点，将所有图片对齐重叠，解决offset问题 A C A C 光谱 光谱 滤波片 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile 5.2.0.0. Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 图像分析流程 Template Generation 利用AC之间的crosstalk、GT之间的crosstalk，将前 2个cycle的图片，与第一个cycle的A的图片对齐重叠，确定所有cluster的位置坐标{(x,y)} Registration and Intensity Extraction 对于每一个cycle：将4张图片(ACGT)中的所有亮点与cluster坐标{(x,y)}对应，计算每个cluster的4种光强度 对每个图片独立的处理 图像锐化、识别cluster/亮点、计算亮点光强度和位置坐标 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile 5.2.0.0. Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Template Generation 利用AC之间的crossta