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生物信息学论文 嗜酸氧化亚铁硫杆菌M16 家族金属肽酶序列分析 学 院 资源生物学院 任课老师 刘元东 班 级 生物技术1201班 学 号 0306120227 学生姓名 解昊明 摘要：现代生物信息学是应用计算机技术和信息论方法研究蛋白质及核酸序列等各种生物信息的采集、存储、传递、检索、分析和解读，以帮助了解生物学和遗传学信息的科学，其研究内容主要有基因组信息学、蛋白质的结构模拟以及药物设计。本文是在生物信息学方法的基础上，从已公布的Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270全基因组序列中挑选出肽酶的蛋白质序列，以所公布的序列及注释信息为基础，通过查询、搜索和使用生物信息学相关的数据库、服务器及软件工具等，完成对该基因的背景信息了解、同源序列比对、系统发生分析、二级结构预测、信号肽分析、跨膜区分析、蛋白质同源分子结构信息了解等任务。通过对该基因的序列分析归纳总结了生物信息学网站的使用方法和开展一般生物信息学探究的基本步骤。 关键词：生物信息；嗜酸氧化亚铁硫杆菌；M16家族；肽酶；序列分析；序列比对；进化树；二级结构预测；信号肽分析；跨膜区分析 目标序列的获取与背景 目标序列的下载 打开网址： HYPERLINK /genomes/all/GCA_000021485.1_ASM2148v1 /genomes/all/GCA_000021485.1_ASM2148v1 找到序列： MDRYGPLLLFPPDMTRAVEPLCTTLDNGVTVISERLPGRRSVAL SLTVGNGSRDQAPDENGFAHLLEHMLFKGSTERDGDALNAAMESLGGTINAFTDRESTVFHGTVLAEDAADAFTLLAELLTKPRFDHADLRLEKRVVAQEAAMAAEDVEDWAQERALAEIWGPHPLAWPVLGNAQCIRSASRKRLQAYHQRILAESPLIVTAVGEVEHGVLCAWAEAAFGGPHGGARTAVPAPRFHGGQKRLRRAQAQQAHLIWMAPGCSVAAEDYLAHVVANAILGGGTASYLFRELREKRGLAYQVFSHLDPLRDCGEWTLYAATPGAQHVQAVAAMAEVLATLLEHGPTAADMIWAKRSLRIQLLLGQEDAEIRMSRLTRQWLYLGRLVPAEESLRTLAAVDADAVLRVLRKAWTERFELICLPARR 目标序列的背景信息 打开网址 HYPERLINK / / ，输入“peptidases”查询相关数据库。 从PubMed数据库中查找了解该序列相关研究背景 结果如下： 肽酶 是一种能够水解肽链的酶。 他们是所有生物存活所必需的一种酶，而且在所有蛋白质的编码中，编码肽酶的基因占了2%。 在对500个人的肽酶的调查中发 现，有14%的的肽酶可以作为药物的靶点肽酶在许多生物过程中扮演重要的角色，包括消化食物蛋白、胞内蛋白循环、凝血级联系统、抗原提呈作用及活化各种蛋白质，包括酶、肽类激素及神经递质等。 金属肽酶 活性依赖一种或多种金属离子，催化肽类和蛋白质中肽键水解的一类蛋白酶[1] 序列分析 同源序列比对 序列比对的基本思想是，基于生物学中序列决定结构，结构决定功能的普遍规律，将核酸序列和蛋白质一级结构上的序列都看成由基本字符组成的字符串，检测序列之间的相似性，发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。序列比对的理论基础是进化学说，如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等 HYPERLINK /view/50501.htm \t _blank 遗传变异过程分别演化而来。 序列相似和序列同源是不同的概念，序列之间的相似程度是可以量化的参数，而序列是否同源需要有进化事实的验证。 如果两个序列有显著的 HYPERLINK /view/3814622.htm \t _blank 保守性，要确定二者具有共同的进化历史，进而认为二者有近似的结构和功能还需要更多实验和信息的支持。通过大量实验和序列比对的分析，一般认为蛋白质的结构和功能比序列具有更大的 HYPERLINK /view/3814622.htm \t _blank 保守性，因此粗略的说，如果序列之间的相似性超过30%，它们就很可能是同源的。 利用BLAST工具[2]进行同源序列比对,输入网址： HYPERLINK /Blast.cgi?PROGRAM=blastpBLAST_PROGRAMS=blastpPAGE_TYPE=BlastSearchSHOW_DEFAU