1生物信息学.doc

吉林医药学院教案 （章节部分） 章节、课题 第1章生物信息学引论(6学时) 学时 6学时 日期 教学目的和要求：介绍生物信息学的基本概念，指出生物信息学的研究目标和任务、研究意义、基本方法和前沿技术。 教学重点与难点： 重点：生物信息学概念。 难点：生物信息学与其他生物学科的观念上的革新 教学方法与手段：多媒体电子课件、病例分析 教学中的创新点： 讨论、思考题和课后作业： 备注： 吉林医药学院教案 （讲稿部分） 教学过程 时间分配 还原论思想 生物并非只是物质的简单堆积，生物体的生长发育是生命信息控制之下的复杂而有序的过程。如果说物理学是研究物质和能量的学科，那么生命科学就是研究生命物质基础上的信息的学科。 我们对生命的奥秘还不甚了解，对生命信息的组织、传递和表达还知之甚少。既然这牵涉到信息的组织、传递和表达，我们就可以用信息科学的方法和技术来尝试认识和分析生命信息。 §1.1引言 随着基因组计划的迅速发展，生物数据的积累速度不断加快。因此，也就对生物数据的科学分析方法和实用分析工具提出了更新、更高的要求。在这个过程中，需要对实验数据进行处理并及时进行理论分析，在此基础上解释实验现象，认识导致实验现象发生的本质，在“整合”、“系统”等全新理念下探索固有的生物学规律，进而了解和掌握生命的物质基础和生命的本质。 1.1.1生物信息学基本概念 无论从理论上来讲还是从实际情况来看，生物信息学的实质就是利用数理知识、信息和计算机科学及技术来研究生物学信息的组织、传递和表达规律等问题。 广义的生物信息学是指以核酸蛋白质等生物大分子为主要研究对象，以信息、数理、要研究工具，对序列数据进行存储、管理、注释、加工，对各种数据库进行查询、搜索、比较、分析，构建各种类型的专用数据库信息系统，研究开发面向生物学家的新一代计算机软件；并利用数理统计、模式识别、动态规划、密码解读、语意解析、信令传递、神经网络、遗传算法以及隐马氏模型等各种方法，对序列、结构数据进行定性和定量分析，从中获取基因编码、基因调控、序列-结构-功能关系等理性知识，阐明细胞、器官和个体的发生、发育、病变、衰亡的基本规律和时空联系，探索生命起源、生物进化、生命本质等重大理论问题，最终建立“生物学周期表”。计算分子生物学主要研究分析 吉林医药学院教案 （讲稿部分） 教学过程 时间分配 方法，开发分析工具，促进生物分子数据的分析。生物计算主要是用计算机技术分析和处理生物学数据。 1.1.2生物信息学的研究目标和任务 揭示生物分子数据隐含的生物学信息是其长远目标和根本任务。 目前生物信息学的主要任务包括3个方面： 第一是收集和管理生物分子数据。 第二是进行数据处理和分析。目前生物信息学的主要研究对象是DNA和蛋白质。在DNA分析方面，着重分析DNA序列中的基因信息及基因表达调控信息，分析基因表达数据，分析基因之间的相互作用关系，比较不同种属的基因组，研究基因组中非编码区域的生物学功能。在蛋白质分析方面，着重分析蛋白质序列与蛋白质结构及功能之间的关系，预测蛋白质的结构和功能，研究蛋白质的进化关系。第三个方面是开发分析工具和实用软件，解决具体的问题，为具体的生物信息学应用服务。 1.1.3生物信息学的研究意义 生物信息学研究是从理论上认识生物本质的必要途径。 生物信息学的出现将改变生物学的研究方式。 随着分子生物学研究的深入，必然需要生物信息学。 生物信息学在指导实验、精心没计实验方面将会发挥重要的作用。 生物信息学研究在医学上也有重要的意义。 §1.2生物信息学的产生与发展 1.2.1生物信息学的发展历史 生物信息学的发展大致经历了3个阶段： (1)前基因组时代（20世纪90年代前） 20世纪50年代，生物信息学就已经开始孕育。1962年，Zucherkandl和Pauling研究序列变化与进化之间的关系，开创了一个新的领域——分子进化。1964年，蛋白质结构预测的研究由Davies的工作开始。氨基酸序列的收集是 吉林医药学院教案 （讲稿部分） 教学过程 时间分配 这个时期的一项重要工作， 1967年Dayhoff发表了蛋白质序列图集，该图集后来演变为著名的蛋白质信息源（PIR）。20世纪60年代是生物信息学形成雏形的阶段。从20世纪70年代初期到80年代初期，出现了一系列著名的序列比较方法。在20世纪70年代，还不断涌现出许多生物信息分析方法。20世纪80年代以后，出现了一批生物信息服务机构和生物信息数据库。 (2)基因组时代（20世纪90年代后至2001年） 生物信息学的真正发展则是在20世纪90年代，在人类基因组计划的推动下，生物信息学才得以迅猛发展。 (3)后基因组时代（2001年至今） 随着后基因组时代的到来，生物信息学研究的重点逐步转移到功能基因组信