2010CB530300-利用遗传地理时空模型预测H5N1禽流感病毒的传播及控制策略研究.doc

项目名称： 利用遗传地理时空模型预测H5N1禽流感病毒的传播及控制策略研究 徐冰 清华大学 2010年1月-2014年8月 教育部 二、预期目标 总体目标：本项目以增强应对自然环境变化、气候变化和社会网络构架下对我国禽流感暴发与传播影响与防控策略、应急机制的基础科学支持能力为总目标。具体通过对禽流感暴发传播观测的事实分析和禽流感传播机制的揭示，为应对气候变化和社会网络构架下对我国社会、经济、国家安全的保障奠定科学基础；通过对传播要素演变规律的分析，评价候鸟非连续式传播和家禽连续式传播在病毒扩散中的地位和作用；通过对病毒基因组序列分析，指证禽流感病毒源头及地理传播路径，为遗传学研究奠定基础；通过对不同传播模式和环境强度下的情景模拟和不确定性分析，提出气候变化和社会网络构架下对禽流感传播影响的概率预测与风险评估的方法；通过对群体-个体相互作用的研究，开展时空变化下群体-个体双向耦合模型模拟研究；通过评价对候鸟地区适应性和家禽地区易感性的理论与方法，形成对我国禽流感爆发与传播影响与防控策略科学基础支撑体系。 本项目是一个典型的跨地理学、遗传学、鸟类学和分子病毒学的多学科多领域的交叉科学研究。通过本项目的研究，提升我国对禽流感暴发与传播机制的研究能力和水平，凝聚和造就一支交叉学科、高水平的研究队伍，吸引和培养一批从事禽流感传播机制研究的青年科技人才，使我国在此领域的研究进入国际先进行列。 五年预期目标： （1） 通过对禽流感传播要素演变规律的研究评价候鸟非连续式传播和家禽连续式传播在病毒扩散中的地位和作用。 （2） 通过对大量病毒株的全基因组测序基础上，进行碱基变异的关联性分析，构建和修正禽流感病毒的变异和演变的模型。同时，结合进化及变异模型和病毒重要功能位点特征，建立一套对禽流感病毒的基因分型方法，并根据时空分布规律和信息，利用这一分型方法研究禽流感病毒的时空流行规律和演化趋势。 （3） 通过生物信息学分析确定重要的基因突变位点，再利用反向遗传学实验方法进行实验验证，得到基因突变与病毒致病力之间的关系。利用国内外数据建立以病毒突变为中心的数据库，综合禽流感的分子特征与病毒致病力，宿主来源，时空分布等方面的数据分析禽流感病毒分子突变的地理时空特征，评估禽流感病毒变异与致病风险。 （4） 结合上述研究成果，提出并构建能模拟和预测禽流感病毒时空传播的网络数学模型并集成耦合基于智能体模拟的模型。通过再现场景和模拟，分析不同传播模式和环境强度下模型的结果，优化控制策略，分析模型不确定性，以揭示禽流感病毒的时空传播机制。 （5） 人才与队伍建设目标:培养和造就一批中青年学术带头人和不同层次的科技新人，其中包括硕士研究生10-20名、博士研究生10-20名和博士后5-10 名。 （6）在国内外发表SCI、SSCI论文30-50篇，其中具有国际影响力的论文5篇，出版专著1-2部，获专利或软件注册登记5个，并发表2-3篇有重要理论突破的高水平研究论文。 三、研究方案 结合主要研究内容，本项目的学术思路如图一： 一 本项目学术思路 1.分析自然环境变化对禽流感暴发与传播的影响，研究其传播要素的演变规律，评价候鸟的非连续性传播在整个阶梯式禽流感传播中的作用与地位。分析社会网络构架下家禽流通运输网络对禽流感传播的影响，研究其传播要素的演变规律，评价家禽的连续性传播在整个阶梯式禽流感传播中的作用与地位。 2．对禽流感病毒全基因组测序结果进行病毒进化分析，根据时空分布信息，建立病毒分型方法，研究病毒遗传变异规律和演化趋势。 3.利用反向遗传学实验方法进行实验验证，得到基因突变与病毒致病力之间的关系。分析禽流感病毒分子突变的特征，评估禽流感病毒在地理和宿主特征上的变异与致病风险。 4．结合上述分析结果，建立禽流感传播数学模型以及智能体个体模型的时空耦合。通过变量和参数模拟再现场景分析模型敏感度，采用不同控制手段对禽流感发生与扩散的影响来模拟和预测禽流感病毒时空传播模式，评估风险，为疾病的预防措施和控制策略提供决策支持。 本项目技术途径的基本流程见图二： 图二 本项目技术途径 1．利用多源遥感数据获取自然环境、湿地生态环境及其季节性变化—候鸟栖息地和迁徙路线—由候鸟引起的非连续性禽流感暴发与传播； 2．家禽交易与运输网络—获取家禽可能传播的路径—由家禽引起的连续性禽流感暴发与传播； 3．利用农业部、卫生部收集、分离、鉴定的病毒—病毒全基因组测序、病毒进化分析—病毒变异与致病力—演绎病毒传播路线与过程； 4．将自然环境数据、候鸟观测数据、家禽养殖、交易、运输调查数据、病毒采样、实验、遗传、变异分析数据进行整理作为禽流感时空传播数学模型以及智能体个体模型的变量和参数—模型敏感度分析—风险评估，控制策略的