[NCBI如何查找序列.docxVIP

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[NCBI如何查找序列

请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件,解释以一下各个部分代表的含义。开Genbank主页(/Web/Genbank/),②database选择“Nucleotide”,输入“Monkey(猴子)“,点击“Search”单击“search”后得到以下页面:然后选择第一个序列文献打开;找到如下图的位置,选择“file“,保存到电脑。序列内容如下:序列内容各部分意思如下:Go to:CommentFeaturesSequenceLOCUS AGMSV40RP 436 bpDNA linear PRI (名称)(碱基数)(分子类型)(分子类型)(灵长类)27-APR-1993(修正日期)DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin.(定义行,精要描述序列特征)ACCESSION K01786(检索号)VERSION K01786.1 GI:176550(版本信息)KEYWORDS origin of replication.(关键词)SOURCE Chlorocebusaethiops (Cercopithecusaethiops)(物种来源及常用名)ORGANISM Chlorocebus aethiops(科学命名及该物种的分类地位)Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;Catarrhini; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Chlorocebus.REFERENCE 1 (bases 1 to 436)(参考文献)AUTHORS Queen,C., Lord,S.T., McCutchan,T.F. and Singer,M.F.(作者)TITLE Three segments from the monkey genome that hybridize to simian(题目) virus 40 have common structural elementsJOURNAL Mol. Cell. Biol. 1 (12), 1061-1068 (1981)(期刊来源)PUBMED 6287216(数据库编号)REFERENCE 2 (sites)(参考文献)AUTHORS Dynan,W.S., Saffer,J.D., Lee,W.S. and Tjian,R.(作者)TITLE(题目) Transcription factor Sp1 recognizes promoter sequences from themonkey genome that are simian virus 40 promoterJOURNAL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82 (15), 4915-4919 (1985)(期刊来源)PUBMED 2991898(数据库编号)COMMENT(注释)Original source text: African green monkey liver DNA, clonepCaOri7.01 [1]. [2] sites; Sp1 binding sites. Draft entry and clean copy sequences for [2] kindly provided byW.Dynan, 31-OCT-1985. Two segments of monkey DNA were hybridized and compared to SV40DNA. Each contained multiple copies of the sequence gggcggrrwhich also appears six times near the origin of SV40 [1]. Bothcontained a long internal degenerate repeat [1]. The SV40 origin ofreplication contains several long repeats [1]. The SV40 hybridizingsegments are members of a larger family

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