内为需要输入的内容，但不包括括号。所有命令都需要在MrBayes的.docVIP

内为需要输入的内容，但不包括括号。所有命令都需要在MrBayes 的提示下才能输入。 文件格式： 文件输入，输入格式为Nexus file（ASCII，a simple text file，如图）： 或者还有其他信息： interleave=yes 代表数据矩阵为交叉序列interleaved sequences nexus文件可由MacClade或者Mesquite生成。但Mrbayes并不支持the full Nexus standard。 同时，Mrbayes象其它许多系统软件一样允许模糊特点，如：如果一个特点有两个状态2、3，可以表示为：(23)，(2,3)，{23}或者{2,3}。但除了DNA{A, C, G, T, R, Y, M, K,S, W, H, B, V, D, N}、RNA{A, C, G, U, R, Y, M, K, S, W, H, B, V, D, N}、Protein {A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W, Y, V, X}、二进制数据{0, 1}、标准数据（形态学数据）{0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 5, 7, 8, 9}外，并不支持其他数据或者符号形式。 执行文件： execute filename或缩写exe filename，注意：文件必须在程序所在的文件夹（或者指明文件具体路径），文件名中不能含有空格，如果执行成功，执行窗口会自动输出文件的简单信息。 选定模型： 通常至少需要两个命令，lset和prset，lset用于定义模型的结构，prset用于定义模型参数的先验概率分布。在进行分析之前可以执行showmodel命令检查当前矩阵模型的设置。或者执行help lset检查默认设置（如图）： 略 Nucmodel用于指定DNA模型的一般类型。我们通常选取标准的核苷酸替代模型nucleotide substitution model，即默认选项4by4。另外，Doublet选项用于paired stem regions of ribosomal DNA的分析，Codon选项用于DNA sequence in terms of its codons的分析。 替代模型的一般结构一般由Nst设置决定。默认状态下，所有的置换比率相同，对应于F81模型（JC model）。一般我们选用GTR模型，即nst=6。 Code设置只有在DNA模型设置为codon的情况下才使用。Ploidy设置也与我们无关。 Rates通常设置为invgamma (gamma-shaped rate variation with a proportion of invariable sites)， Ngammacat(the number of discrete categories used to approximate the gamma distribution)一般采用默认选项4。通常这个设置已经足够，增加该选项设置的数量可能会增加似然计算的精确性，但所花时间也成比例增加，大多数情况下，由增加该数值对结果的影响可以忽略不计。 余下的选项中，只有Covarion和 Parsmodel与单核苷酸模型相关，而我们既不会采用parsimony model，也不会采用the covariotide model，故保留默认状态。 在对矩阵作了以上修改后，重新输入help lset命令，可以查看变化后的设置。 设置先验参数prior： 现在可以为模型设置先验参数了。模型有6种类型的参数：the topology, the branch lengths, the four stationary frequencies of the nucleotides, the six different nucleotide substitution rates, the proportion of invariable sites, and the shape parameter of the gamma distribution of rate variation. 默认参数在大多数分析中都已足够，通常不许修改，如需立即使用，这部分可以跳过。 通过输入help prset可以获得模型的各参数默认设置列表： 略， 我们只对Revmatpr (for the six substitution rates of the GTR rate matrix), Statefreqpr (for the stationary nucleotide frequencies of the GTR rate matrix), Shapepr (for the shap