生命情報学基礎論-KyotoUniversityBioinformaticsCenter.pptVIP

マルチプル?アラインメントの実用的計算手法 プログレッシブ?アラインメント CLUSTAL-W（広く利用されているソフト）などで採用 逐次改善法との組み合わせが、より有効 逐次改善法 シミュレーテッドアニーリング 遺伝的アルゴリズム HMMによるアラインメント 分枝限定法 １０配列程度なら最適解が計算可能な場合がある 実用的マルチプル?アラインメント法 ヒューリスティックアルゴリズムの開発 N次元DPは（N=4ですら） 　　　非実用的 一般にはNP困難 プログレッシブアラインメント 近隣結合法などを用いて　案内木を作る 類似度が高い節点から低い節点へという順番で、配列対配列、配列対プロファイル、プロファイル対プロファイルのアラインメントを順次計算 逐次改善法 「配列を一本取り除いては、アラインメントしなおす」を繰り返す プログレッシブ?アラインメント プロファイル－プロファイル?アラインメント 各列を１文字のように扱うことにより、DPにより計算 逐次改善法 「配列を一本取り除いては、アラインメントしなおす」を繰り返す まとめ ペアワイズ?アラインメント 大域アラインメント 動的計算法で効率的にO(mn)時間で計算可能 局所アラインメント よくマッチしている部分のみを効率的に抽出 ギャップコスト アフィンギャップまではO(mn)時間で対応可能 実用的プログラム BLAST, FAS