生命情報学基礎論-KyotoUniversityBioinformaticsCenter.pptVIP

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  • 2017-01-11 发布于天津
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生命情報学基礎論-KyotoUniversityBioinformaticsCenter.ppt

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マルチプル?アラインメントの実用的計算手法 プログレッシブ?アラインメント CLUSTAL-W(広く利用されているソフト)などで採用 逐次改善法との組み合わせが、より有効 逐次改善法 シミュレーテッドアニーリング 遺伝的アルゴリズム HMMによるアラインメント 分枝限定法 10配列程度なら最適解が計算可能な場合がある 実用的マルチプル?アラインメント法 ヒューリスティックアルゴリズムの開発 N次元DPは(N=4ですら)    非実用的 一般にはNP困難 プログレッシブアラインメント 近隣結合法などを用いて 案内木を作る 類似度が高い節点から低い節点へという順番で、配列対配列、配列対プロファイル、プロファイル対プロファイルのアラインメントを順次計算 逐次改善法 「配列を一本取り除いては、アラインメントしなおす」を繰り返す プログレッシブ?アラインメント プロファイル-プロファイル?アラインメント 各列を1文字のように扱うことにより、DPにより計算 逐次改善法 「配列を一本取り除いては、アラインメントしなおす」を繰り返す まとめ ペアワイズ?アラインメント 大域アラインメント 動的計算法で効率的にO(mn)時間で計算可能 局所アラインメント よくマッチしている部分のみを効率的に抽出 ギャップコスト アフィンギャップまではO(mn)時間で対応可能 実用的プログラム BLAST, FAS

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