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基于文献挖掘的中医证候生物学基础初步研究 基于文献挖掘的中医证候生物学基础初步研究 中医学的基本特点在于整体观和辨证论治，以病证结合、方证相应，即“病证方”结合的诊疗模式为特色。证的生物学基础则是中医药现代化的关键，目前研究较多的有血瘀证、肾阳虚证、寒证、热证等，并形成了证本质研究、证实质研究、证候客观化等多个学术生长点，如阴黄证和阳黄证的代谢组学发病机制[1]，为阐释中医证候的生物学本质，证的诊断客观化、规范化和病证分型治疗提供依据。 　　基金项目：国家自然科学基金面上项目；北京市青年英才计划 　　通讯作者：陈建新，E-mail：Cjx@ 　　气虚证是中医常见证型，可见于研究深入的几大疾病中，如冠心病、心力衰竭、糖尿病等[2-7]，临床常见检验方法已对上述疾病进行诊断。研究表明，这些常见病与神经-内分泌-免疫密切相关[8]。本研究以NEI网络相关基因为基础，以气虚证为切入点，通过文献挖掘方法初步得到了气虚证基于NEI网络特有的生物活性物质，对阐明证候的客观性，揭示证候、疾病中分子相互作用机制有着重要意义，为揭示证候的科学内涵奠定了方法学基础。 　　1 资料与方法 　　 收集表征术语关键词 　　以中华人民共和国国家标准《中医临床诊疗术语》为主要依据收集、整理出11个“气虚证”的表征术语关键词，包括气虚、隐痛、钝痛、气短、乏力、神疲、懒言、头晕、自汗、舌淡、脉虚。 　　1.文献挖掘方法 　　从dbNEI数据库上下载NEI相关基因，载入Genclip软件中，然后使用该软件的“Word related Gene Search”功能在文献库中挖掘与给定表征术语相关的NEI基因，并使用“Literature Mining Gene Networks”功能构建气虚证每个表征术语的基因网络。分别比较挖掘出的与气虚证各关键词相关的基因，找出同时出现在2个关键词及以上的那些基因，由于这些基因至少同时在某一证候的2种表征中出现，那么，他们就很可能与该证候有一定联系而非只和单一表征有关，即与气虚证有联系。 　　1.基因分析方法 　　应用DAVID Bioinformatics 软件[9]对所得基因进行分层聚类、基因类型测试和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes通路分析。基因聚类测试是一种探索性的工具，用以探索检测基因表达数据内部的关联性，为进一步考虑进行假设性的筛选。KEGG通路分析可以帮助寻找所提供基因所参与的生物过程。 　　结果 　　文献挖掘结果显示，气虚的11个关键词中有5个挖掘出与之相关的基因，具体关键词及挖掘出的基因个数见表1；通过比较气虚证与各个关键词相关的基因，找出了15个同时出现在2个关键词及以上的基因，见表2。脉虚、自汗、头晕、气虚关键词基因网络见图1。 　　表1 气虚证关键词对应的基因数目 　　关键词 基因个数 　　气虚1 　　呼吸困难5 　　头晕3 　　脉虚 　　自汗本文由论文联盟http://收集整理 　　表同时出现在2个表征术语及以上的基因 　　编号 气虚基因 出现次数 　　1 IL6 　　IL10 　　IL2 　　IL1B 　　续表2 　　编号 气虚基因 出现次数 　　IFNG 　　POMC 　　ADIPOQ 　　IL8 　　IL2 　　10 CD12 　　11 CD79A 　　1FGF2 　　1CD40LG 　　1NPPB 　　1LEP 　　脉虚 自汗 　　气虚 　　头晕 　　图1 气虚证关键词基因网络 　　讨论 　　1973年，Isakovi?[10]和Jankovi?[11]通过双边对称电解损伤大鼠大脑不同部位，并观察其对淋巴器官的影响后，首次提出了NEI三大系统之间的关系。NEI网络学说的提出和发展，与几千年来中医理论提倡的整体观念可谓不谋而合，并在一定程度上为来源于长期临床实践的中医理论提供了现代医学证据。1990年，高氏[12]和王氏[13]将NEI网络与中医理论相联系，并引起了中医界的广泛关注。因此，我们认为借助NEI网络，可以更好地理解中医，进一步实现中医的现代化与国际化。 网络是复杂生物系统的表现方式，网络的复杂性本质上就是“关系”的复杂性。正是系统生物学以上研究模式与策略的变革与进步，使从生物分子网络角度探索证候的生物学基础具备了现实可行性。中医药现代研究中，不少学者曾对NEi网络、分子网络调节和细胞因子网络等问题进行了思考[14-16]，提示中医药现代研究需突破单生物学指标的局限，充分考虑机体内部复杂的相互联系，强调了中医药现代研究突破“还原论”的重要性。然而，由于“系统”相关的数据尚未完善，以及建模、仿真和分析等“计算”能力的缺乏，既往的“网络”往往局限于现象描述，侧重于理论与概念分析。近年来，“系统生物学”的新兴，海量数据获取技术，尤其是