016-DNA计算原理在NP问题中的应用.doc

DNA计算原理在NP-完全问题中的应用 朱清妍 （ 湖南信息职业技术学院 长沙 邮编　410200 ） 摘 要：DNA计算是一种利用生物分子间的相互作用来实现并行计算的新的计算模式，具有高度的并行性、巨大的信息存储能力和极低的能耗等优点。本文对DNA计算的一般原理进行了介绍，并概述了DNA计算原理在解决NP问题中的应用。针对DNA的原理，从其生物学原理、计算原理、数学原理等多个方面进行概括。在NP应用中，概述了DNA计算在有向Hamilton路问题、可满足性问题、最大团与最大独立集问题、规划问题等4个方面的应用，并指出了DNA计算中存在的问题。 关键字：DNA计算；NP完全问题；有向Hamilton路问题；可满足性问题；最大团与最大独立集问题；规划问题 Application on NP Complete Problem Using DNA Computing Theory Zhu Qing-yan （Hunan College of Information ,Changsha, 410200） Abstract：DNA computing is a new computing mode using interaction among biomolecule. It has high parallel nature, enormous information capacity and very low energy expenditure. This paper introduces the general theory of DNA computing and the promotion on resolving NP complete problems. Keywords：DNA computing, theory, NP complete problem 引言 电子计算机对人类社会的发展起到了巨大的促进作用，但存储量小、运算速度慢等缺点发展的极限，迫使研究人员寻找更为理想的计算模式。尤其是随着社会和科学技术的发展，许多工程领域中出现的复杂系统所具有的各种各样的非线性问题，以及一些电子计算机难以解决的NP问题等等，更加凸现出电子计算机越来越大的局限性。当处理NP-完全问题时，电子计算机所需要的时间会随问题规模的增大而以指数级增长，而量子物理学已经预测出芯片处理能力的增长不能长期地保持下去。 为此，研究人员已经提出了一些有效的计划，比如：人工神经网络计算机、量子计算机、光学计算机以及DNA计算机等，尤其是当1994年Adleman在《Nature》上发表了第一篇开创性的有关DNA分子算法的文章[1]以来，这种新的计算模式吸引了众多的研究人员对其进行研究，对基于DNA计算模式的原理、特点及应用等方面进行多方面的探讨。下面对国内外研究的现状作一个简要的介绍。 1995年Princeton大学的Lipton在Adleman思想的启发下，通过构造一个接触网络图G，将SAT问题的解空间映射为通过接触网络图G的始点a1和终点an+1的所有哈密乐顿路径，然后对有向图中的顶点和边进行编码。 1997年，Quyang等利用DNA计算解决了另一个NP—完全问题，图的最大团问题。 2000年，日本的Sakamoto等人用DNA分子生物技术求解了由6个变量10子句组成的逻辑公式，他们的算法不仅提高了计算效率（减少了计算所需的生物操作频数），而且使DNA计算朝自动化方向前进了一步。 同年，Wisconsin-Madison大学的Liu等人所做的表面计算(surface computing)，他们的实验使得DNA计算可以固体表面进行，而不在溶液中进行。这项成果大大降低了DNA计算的出错率。 2001年以色列Weixmann科学院的Benenson关于基于分子生物的可编程与自治计算机器的研究应是DNA计算机研究的一个突破性进展。它被称为是一种“半自动化试管型DNA计算机”，该机器是一种可编程的、可自治的解决组合优化问题的有限自动机，这种有限自动机由DNA和操作DNA的生物酶构成。 本文首先介绍相关的生物学知识，进而对DNA计算的原理进行了说明，并对研究人员在利用DNA计算解决NP-完全问题时的研究成果进行了说明。 DNA计算原理 2.1 DNA的分子结构 DNA，脱氧核糖核酸，是控制生物性状遗传的主要物质，由4种脱氧核苷酸经3’→5’磷酸二酯键聚合而成，它是生物的各种生命活动基础，要了解DNA