蛋白质结构与功能分析2014-1.pptVIP

结构域分析实例 点击图片，选择不同的分析模式，“Normal”或“Genomic”； 输入待分析的蛋白质序列； 可勾选“PFAM domain” 点击“sequence SMART” 解读结果。 5.2.2 蛋白质的模式检索 通过对大量已知其功能的蛋白质序列的分析比较，已经发现了一些与蛋白质的特定功能或修饰位点相关的模式（pattern）化的序列。 模式序列可以是修饰位点，如酪氨酸蛋白激酶修饰位点；也可以是模体（motif）结构，如亮氨酸拉链的模式序列为“L-x(6)- L-x(6)- L-x(6)-L”，即每间隔六个任意的残基出现1个亮氨酸残基。 因此，对未知功能的蛋白质序列进行模式检索，对于发现该序列可能存在的活性或功能位点，从而揭示该蛋白质的功能具有十分重要的意义。 目前，网络上已有许多资源提供此类检索服务，其鉴定原理主要是基于一致性序列匹配模式或蛋白质序列结构特征谱模式。 NPS@系统主要为用户提供三种不同的模式检索程序： PATTINPROT —— 以一种或几种模式对用户提交的蛋白质序列或数据库序列进行模式检索分析。 PRO SCAN —— 根据PROSITE数据库，检索用户提交的蛋白质序列的功能位点或标签。 InterPro Scan —— 根据综合性模式数据库InterPro，检索用户提交的蛋白质序列的标签。 Expasy系统提供的检索程序为ScanProsite： 网址：/ 用户必须按PROSITE拼写规则提交“Pattern value”，即欲检索的模式。 PROSITE拼写规则如下： “x”—— 表示该位点为任意氨基酸残基。 “[ ]”—— 中括号内的残基表示允许出现在该位点的残基。 “{}”—— 大括号内的残基表示不允许出现在该位点的残基。 “()”—— 圆括号内的数字表示该位点残基的数目或范围（以“,”分隔）。 “-”—— 模式各单元的分隔符。 “?”—— 表示该模式的N端限制。 “?”—— 表示该模式的C端限制。 “.”—— 模式结束符。 模式“[EQR]-C-[LIVMFYAH]-x-C-x(5,8)-C-x(3,8)-[EDNQSTV]-C-{C}-x(5)-C-x(12,24)-C.”。 翻译为：“E,Q或R - 仅C - L,I,V,M,F,T,A或H - 任何残基 - 仅C - 任何残基5到8个 - 仅C - 任何残基3到8个 - E, D, N, Q, S, T或V - 仅C - 除C外的所有残基 - 任何残基5个 - 仅C - 任何残基12到24个 - 仅C”。 上述模式的典型实例有： (1) Q-C-Y-S-C-PYPTTQ-C-TMTT-N-C-T-SNLDS-C-LIAKAGSRVYYR-C (2) R-C-H-D-C-AVINDFN-C-PNIR-V-C-P-YHIRR-C-MTISIRINSRELLVYKNCTNN-C [EQR]-C-[LIVMFYAH]-x-C-x(5,8)-C-x(3,8)-[EDNQSTV]-C-{C}-x(5)-C-x(12,24)-C NPS@系统分析实例 Expasy系统分析实例 ——人类表皮上长因子受体（EGFR_HUMAN）中酪氨酸蛋白激酶磷酸化修饰位点的模式检索分析 打开分析网页。/scanprosite/ 序列输入框 模式输入框 提交按纽 EGFR_HUMAN [RK]-x(2,3)-[DE]-x(2,3)-Y 在序列输入框中输入净序列、AC或ID。 在模式输入框中输入待检索的模式。 点击“START THE SCAN”按纽。 解读结果。 考核作业题（第七次） 自行在UNIPROTKB蛋白质数据库内独立检索并选择一种蛋白质序列（FASTA格式序列或其AC/ID号），完成下列分析，写出分析报告并附原始分析数据（10分）。 计算其等电点和分子量的理论值，分析其氨基酸组成； 疏水性分析和跨膜区分析； 分析该序列是否存在保守的结构域； 通过模式检索，分析该序列是否存在酪氨酸蛋白激酶的磷酸化修饰位点。 请将作业的电子文档发送至：lihong7188@126.com Chapter 5 Analysis and Prediction of Protein Structure and Function —— Part One 蛋白质结构与功能分析和预测是指使用理论计算的方法来分析和预测蛋白质分子的结构和功能。 这种分析和预测对于理解蛋白质结构与功能的关系，并在此基础上进行蛋白质变性复性、突变体设计以及基于结构的药物设计等方面具有重要意义。 一般说来，蛋白质结构与功能的分析和预测主要包括： 蛋白质序列的基本性质分析； 同源性检索和序列比对； 模式、模体和结构域检索与功能预测； 蛋白质二级结构的预测； 蛋白质三级结构与功能的预测； 蛋白质结构建模； 蛋白