《算法CS,所有的最长公共子序列.docxVIP

所有的最长公共子序列（LCS）问题描述子序列的概念： 设X = x1, x2,┅, xm，若有1≤i1i2 ┅ ik≤m，得Z= z1, z2,┅, zk = xi1, xi2,┅, xik，则称Z是X的子序列，记为ZX。e.g. X=A,B,C,B,D,A,B, Z=B,C,B,A, 则有ZX。公共子序列的概念：设X，Y是两个序列，且有ZX和ZY，则称Z是X和Y 的公共列。最长公共子序列的概念：若ZX，ZY，且不存在比Z更长的X和Y 的公共子序列，则称Z是X和Y 的最长公共子序列，记为ZLCS(X , Y)。但是LCS不是只有一个，最长公共子序列往往不止一个。e.g. X=A,B,C,B,D,A,B, Y=B,D,C,A,B,A, 则Z=B,C,B,A, Z’=B,C,A,B, Z’’=B,D,A,B均属于LCS(X , Y) ，即X,Y有3个LCS。本文描述如何寻找所有的LCS二、问题分析①先描述寻找一个LCS的思想：记Xi=﹤x1，…，xi﹥即X序列的前i个字符 (1≤i≤m)（前缀）Yj=﹤y1，…，yj﹥即Y序列的前j个字符 (1≤j≤n)（前缀）假定Z=﹤z1，…，zk﹥∈LCS(X , Y)。若xm=yn（最后一个字符相同），则不难用反证法证明：该字符必是X与Y的任一最长公共子序列Z（设长度为k）的最后一个字符，即有zk = xm = yn。且显然有Zk-1∈LCS(Xm-1 , Yn-1)即Z的前缀Zk-1是Xm-1与Yn-1的最长公共子序列。若xm≠yn，则亦不难用反证法证明：要么Z∈LCS(Xm-1, Y)，要么Z∈LCS(X , Yn-1)。由于zk≠xm与zk≠yn其中至少有一个必成立，因此：若zk≠xm则有Z∈LCS(Xm-1 , Y)，若zk≠yn 则有Z∈LCS(X , Yn-1)。∴若xm=yn，则问题化归成求Xm-1与Yn-1的LCS，（LCS(X , Y)的长度等于LCS(Xm-1 , Yn-1)的长度加1） 若xm≠yn，则问题化归成求Xm-1与Y的LCS及X与Yn-1的LCSLCS(X , Y)的长度为：Max {LCS(Xm-1 , Y)的长度, LCS(X , Yn-1)的长度}求LCS(Xm-1 , Y)的长度与LCS(X , Yn-1)的长度这两个问题不是相互独立的：∵两者都需要求LCS(Xm-1，Yn-1)的长度,因而具有重叠性。此外，两个序列的LCS中包含了两个序列的前缀的LCS，故问题具有最优子结构性质 考虑用动态规划法。引进一个二维数组C，用C[i,j]记录Xi与Yj的LCS的长度。 如果我们是按行、列的序号从小到大地进行递推计算，（从第1行开始计算：C[1,1]、C[1,2]、。。。C[1,n]，再算C[2,1]、C[2,2]、。。。C[2,n]，。。。。。。。。最后计算C[m,1]、C[m,2]、。。。C[m,n]，最后算出的C[m,n]即为LCS(X , Y)的长度。）那么在计算C[i,j]之前，C[i-1,j-1], C[i-1,j]与C[i,j-1]均已计算出来。此时根据X[i]=Y[j]还是X[i]Y[j]，就可以计算出C[i,j]：若X[i]=Y[j]，则执行C[i,j]←C[i-1,j-1]+1；若X[i]Y[j]，进行下述判断：若C[i-1,j]≥C[i,j-1]则C[i,j]取C[i-1,j]；否则C[i,j]取C[i,j-1]。即有C[i,j]=为了构造出LCS，使用一个mn的二维数组b，b[i,j]记录C[i,j]是通过哪一个子问题的值求得的,以决定搜索的方向：若X[i]=Y[j]，则b[i,j]中记入“↖”（亦可不记）；若X[i]Y[j]且C[i-1,j] ≥ C[i,j-1]，则b[i,j]中记入“↑”；若X[i]Y[j]且C[i-1,j] C[i,j-1]，则b[i,j]中记入“←”；e.g. 对于X=A,B,C,B,D,A,B，Y=B,D,C,A,B,A，求出的各个C[i,j]与b[i,j]如下图： 0 1 2 3 4 5 6 yj B D C A B A0 xi 00 0 0 0 0 0 ↑ ↑ ↑↖ ↖1 A 0 0 00 1←1 1 ↖↑↖ 2 B 01←1←1 1 2←2 ↑ ↑↖↑ ↑3 C 01 1 2 ←22 2 ↖ ↑ ↑ ↑↖ 4 B 01 1 2 2 3←3 ↑↖ ↑ ↑ ↑ ↑5 D 01 22 2 3 3 ↑ ↑ ↑↖ ↑↖6 A 01 22 33 4 ↖ ↑ ↑ ↑↖ ↑7 B 01 22 3 4 4②找出所有路径的思想：仅用“↑” ，“←” ，“↖”是搜索不到所有的LCS的，因为