分子模拟软件介绍分子模拟课程中使用Gaussian软件进行计算。因为.docVIP

分子模拟软件介绍 分子模拟课程中使用Gaussian软件进行计算。因为要调用七楼机房的机器所以首先使用Xmaneger软件，链接到七楼机房的机器上。 点击桌面上chemsever图标 进入机器的文本界面 其中user401是用户名称，Dell12是机器的名称，~是当前的目录位置。在文本界面中需要输入命令即Shell来进行操作，在这个目录下输入的命令都是在这个目录下进行操作。注意linux命令区分大小写，所以一定要注意字符的大小写。如果命令之后有操作对象则要在命令之后加上空格。 基本命令简介 1．pwd （即print working directory ） 输入pwd，回车可以看到用户当前目录~的路径 可以看到当前用户所处的位置是/home/user401，表明在user401的目录下，而user401这个目录又在/home目录下。 2. ls （即list） 输入ls，回车就可以显示当前目录的内容 这个界面说明当前目录下没有文件 3. mkdir (即make a directory) mkdir Gaussian 回车 (注意mkdir和Gaussian之间要有空格)即在当前目录下新建一个名为Gaussian的目录，再输入ls命令就可以看到当前目录下有一个名为Gaussian的目录 在进行计算之前都需要建一个目录，将计算的结果都保存在目录下，以免文件混乱。 相对于mkdir，可以用rmdir来删除一个空的目录。但是如果目录下面有其他的文件，rmdir无法删除该文件，要使用rm –r 来删除，后面有介绍。 4. rm(即remove) rm命令是用来删除一个文件的指令，在linux中文件删除后无法还原，所以在使用rm命令时要特别小心。 如现在目录~下有一个目录Gaussian和一个文件1。现在要删除文件1则输入rm 1回车，可以看到现在目录下只有Gaussian目录。 如果要删除目录Gaussian且该目录下有内容，则使用rm –r Gaussian。 注意如果要删除一个文件或目录必须在文件或目录的上一级目录，即使用ls命令可以看到该文件或目录的地方下进行。否则无法删除。 5. cd cd 命令用来进入目录 cd Gaussian 回车，进入Gaussian目录 [user401@dell12 ~/Gaussian]表示用户user401在Dell12机器上，所处的目录是~/Gaussian 在linux中也可以用点来表示路径，.表示当前的位置，而..表示上一级目录。比如输入cd .则进入当前目录，没有改变 输入cd ..则进入上一级目录，即~ 6. gv 输入gv回车，即调用gaussview，可以进入高斯图形界面 在使用gaussview建立一个计算文件之后，软件会提示保存输入文件，即后缀为.com或.gjf的文件。提交任务以后会产生结果文件.log文件。我们需要查看就是这两个文件。 再次点击桌面上chemsever图标，并进入计算的目录即cd ~/Gaussian就可以看到计算的所有的文件。 7. vi vi就是”visual interface”的缩写。它可以执行输出、删除、查找、替换、等众多文本操作。 vi 1.com 打开一个名为1. com的文件 回车以后屏幕上所显示的就是文件1.com的内容 此时光标位于第一行首，即%的位置 如果使用vi命令后面加上一个当前不存在的文件，例如vi 1则打开一个新的文件1，内容为空，可以自己进行编辑。 vi常用的命令 1）i命令 输入i则屏幕最下行显示“–INSERT–”（插入）字样，即表示可以插入文本，文本输入从光标所在位置前开始, 这时的输入方式跟一般的Word类似，但是要注意的是文本输入时不能使用鼠标来改变光标的位置，只能使用方向键。需要输入数字的时候不能使用数字小键盘。 退出插入文本的命令使用Esc键。 使用Esc键后可以发现屏幕最下行“–INSERT–”字样消失，这时可以使用别的命令对文本进行操作。 2）r 命令 输入r命令可以更改光标所在的当前字符，当前字符会变为你所输入的字符，但是只能更改一次，要继续更改必须再次输入r进行更改。 3）R 命令 输入R命令后可以看到文本最末行有“-REPLACE-”替换当前字符及其后的字符，直至按ESC键移动光标类命令 k或Ctrl+p 光标上移一行 j或Ctrl+n 光标下移一行 Enter 光标下移一行 ) 光标移至句尾 ( 光标移至句首 nG 光标移至第n行首 H 光标移至屏幕顶行 L 光标移至屏幕最后行 0 光标移至当前行首 $ 光标移至当前行尾 屏幕翻滚类命令 Ctrl+u 向文件首翻半屏 Ctrl+d 向文件尾翻半屏 Ctrl+f 向文件尾翻