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动植物重测序五大研究方案 2013/08/01 　　随着越来越多的物种基因组被破译，重测序的应用也日趋广泛。历时半年，华大科技科研团队根据动植物群体样本类型以及研究领域特点，并融合多年的项目经验，隆重推出重测序研究五大方案，为您提供系统全面的一站式服务，助力项目申请和高水平文章的发表！? 方案一：育成动植物驯化基因挖掘方案 研究目的： 　　针对不同的品种/品系，通过群体内pooling建库的方法，进行全基因组重测序（5X/群体），采用生物信息学方法全基因组范围内扫描变异位点，并进行选择性清除分析（Selective Sweeps），结合相关区域的基因功能注释信息，挖掘驯化相关的基因，剖析家养动植物的驯化条件、驯化过程及其进化动力。 技术路线：?? 研究方案： 样本量选择： 家养动植物各品系，及其现存祖先种（每个品系可以选择10个个体等量DNA混合pooling）； 测序策略选择： 各品系多个个体pooling DNA 样品进行PE101测序； 测序深度选择： 全基因组重测序5X coverage /品系。? 适用范围： 驯化动物：如家鹅、家鹅、家鸭、家猫、家牛等； 栽培植物：如水稻、玉米、小麦、大豆等粮食作物；苹果、梨、苜蓿、葡萄等经济作物。? 方案特色： 1、? 高效快速：不需要作图群体，只需要驯化动植物的现有各品种的DNA样本； 2、? 成本降低：通过将同一品系中的多个个体（10个左右）进行pooling测序，在兼顾品系代表性的同时最大限度地降低了测序量； 3、? 可行性高：目前，运用该思路成功完成驯化研究的动物包括家蚕、家鸡和家犬。 ? ?经典案例： 样品选取： –??????分布于世界各地的不同品系的狼和犬，其中狼7个品系，犬14个品系? 测序策略 –????? 对12只狼的DNA样本进行pooling测序，深度为6.2X；对60只犬的DNA样本进行pooling测序，测序深度为29.8X 分析结果 –????? 识别了380万个遗传变异位点； –????? 在犬的基因组中共发现36个明显受驯化选择的区域，包含122个基因； –????? 发现19个与脑发育相关的基因、3个与精子受精过程竞争相关的基因、10个与淀粉和脂肪代谢相关的基因。 ? 参考文献： [1]Rubin, C. J. et al. Whole-genome resequencing reveals loci under selection during chicken domestication. Nature 464,587-591; [2]Leonard, J. A. et al. Ancient DNA evidence for Old World origin of New World dogs. Science 298, 1613-1616.? ? 方案二：eQTL方案? ?研究目的：? 　　通过测序获得各基因型的表达数据，并作为一个数量性状，进行基因表达的数量定位分析（eQTL），进而寻找控制基因表达的上游调控位点，挖掘受该基因调节的下游基因及与该基因协同作用的基因，并建立基因调控网络，从而在表达及调控两个水平上研究控制复杂性状的遗传基础。 技术路线： 研究方案： 样本量选择： 分离群体（DH, RIL, F2，F3 ,BC 等），建议样本数100 个以上。 测序策略选择： 有参考基因组：芯片测序/重测序(3-5X/样品)+RNA-Seq(5M clean reads/样品)； 无参考基因组：转录组测序(2-4G clean data /样品)； 项目周期： 样本个数≤100，需90 个工作日；样本个数＞100，需根据实际项目情况而定。? 适用范围： 拥有作图群体的动植物。? 方案特色： 1、 更精细的遗传连锁图谱（若分子标记连锁图谱未知）； 2、 更精确的作物农艺、经济性状（或目标性状）相关候选基因定位； 3、 更快捷的基因表达调控网络构建； 4、 可与其他结果或方案（如QTL结果，GWAS方案等）相互衔接。 ? 经典案例： 样品选取 –?????? 368份玉米自交系（3个作图群体：Illinois high-oil 群体，Alexho 单籽粒合成群体，北京高油群体） 测序策略 –?????? 对样本分别进行转录组测序，平均每个样品6.6 Gb raw data，获得103万个SNP；使用Illumina MaizeSNP50 BeadChip 获得56110个SNP，再将两部分SNP数据整合用于后续分析。 分析结果 –?????? 利用RNA-seq 测序以及Illumina MaizeSNP50 BeadChip 的办法获得了一百多万个单核苷酸多态性（SNP）位点； –?????? 利用全基因组关联分析的方法，对籽粒油