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ARLEQUIN 使用说明
引 言
Arlequin是一款优秀的人类遗传学数据分析软件,其名字来源于法语“Arlecchino”,是一个十七世纪意大利著名喜剧人物的名字。这个喜剧人物具有多个面目,可以根据需要,多个角色之间轻而易举的相互转变。Arlequin软件包如此取名,大概是为了说明此款软件能够满足遗传分析方面的需求。Arlequin软件包提供了许多方法和统计学检验来从遗传学和人口统计学数据(如大量的分子序列数据和传统的等位基因频率等)中挖掘信息。Arlequin 软件有着友好的Java图形操作界面,便于使用者操作。
Arlequin软件包由Stefan Schneider、David Roessil和Laurent Excoffier三人完成。Arlequin软件包下载和升级的网址为:http://anthro.unige.ch/arlequin。下载后的Arlequin软件包基本由Arlequin20_zip.exe和jre117-win32.exe组成,在运行Arlequin程序之前,需要先安装jre117-win32.exe。Arlequin20_zip.exe是个自解压的程序,点击此程序将文件释放到所选择的目录,就可以运行了。在上述网址还提供了一个升级包arlpatch2001.zip,修正了原软件里边的一些bug,并提高了某些计算程序的精确性;下载后解压,直接运行即可。
Arlquin 功能概述:
Molecular diversity (分子多态性)
Mismatch distribution (错配分布)
Haplotype frequency estimation (单倍型频率估计)
Linkage disequilibrium (连锁不平衡):检测不同位点上等位基因的非随机关联
Hardy-Weinberg equilibrium (哈温—伯格平衡)
Tajima`s neutrality test (Tajima中性检验)
Fu`s neutrality test (Fu中性检验)
Ewens-watterson neutrality test ( Ewens-watterson中性检验)
以上三个中性检验都是基于无限位点模型,适用于DNA sequence 和 RFLP单倍型。
Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合检验,检测人群的均一性或同质性,和中性选择等)
Minimu Spanning Network (MSN,最小扩张树或称之为最小支撑树,基于分子差异)
AMOVA (分子差异度分析,用以评测人群的遗传结构)
Pairwise genetic distances (遗传距离的估计)
Exact test of population differentiation (检测随机交配群体单倍型的非随机分布)
Assignment test of genotype (通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中)
Arlequin软件包功能强大,以上列出了本软件包一些基本的功能,下文将对这些功能进行详细的阐释和实例讲解。
Arlequin 输入数据的格式
Arlequin 软件包大致能接受以下五种数据格式:DNA sequences、RFLP data、Microsatellite data、Standard data、Allele frequency data。这些数据可以使单倍型(haplotypic)数据格式,也可以是基因型(genotypic)数据格式。对于RFLP data类型数据,“1”表示存在限制性位点,“0”表示不存在限制性位点,“-”表示限制性位点缺失。对于DNA sequences类型数据,“-”代表一个缺失的核苷酸,“?”代表一个未知核苷酸,R表示A/G(purine),Y表示C/T(pyrimidine),M表示A/C,W表示A/T,S表示C/G,K表示G/T,B表示C/G/T,D表示A/G/T,H表示A/C/T,V表示A/C/G,N表示A/C/G/T。
Arlequin 软件包输入文件的扩展名应该为*.arp,配置文件的扩展名为*.ars。在Arlequin 软件包输入文件中,#后可以输入任何字符,直至此行结尾。
1、Alequin输入文件的格式- profile
在一个Alequin输入文件的最开始是 Profile 部分
[profile]
Title=“”
当前分析数据的名称或标题(双引号内可以为任何字符串)如:Title=“ancient mtdna data of QiDan”
NbSamples=
(指所分析数据中人群的个数,可以是1-1000之间的任何整数) 如:Nb
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