MPI在Linux下的安裝配置.docxVIP

本篇介绍MPICH2在Linux系统上的基本安装配置过程，假设一共有两台机器，分别命名为node1和node2。1. 安装准备（1）设置主机名先在/etc/hosts中删除原来的hostname,然后 vi /etc/hostname改成你想要的，注意必须顶行写。然后使用hostname命令来重新得到hostname, logout一下再login就会改掉。（2）修改hosts文件Ifconfig 得到本机的ipnode1的ip（） node1 server#个人认为这里的server加不加都可以就只是一个名字node2的ip（） node2（3）配置自动ssh登录配置自动ssh登录，即授权让node1和node2可以无密码的ssh登录对方以及自己，在node1和node2上运行ssh-keygen命令来产生公匙和私匙，分别把公匙内容增添到本机和对方机的~/.ssh/authorized_keys。具体做法：$ ssh-keygen -t rsa，之后一路回车，这一步将产生~/.ssh目录，以及两个文件d_rsa（私钥）和 id_rsa.pub（公钥）$ cd ~/.ssh$ cat id_rsa.pub 》 authorized_keys 把node1的公匙存到本地authorized_keys$ scp node1:~/.ssh/id_rsa.pub node2:~/.ssh/1.pub 把node1的公匙复制到node2$ ssh node2登录到node2$ ssh-keygen -t rsa在node2上产生一对公匙和私匙$ cd ~/.ssh$ cat id_rsa.pub 》 authorized_keys 把node2的公匙保存到本地authorized_keys$ scp node2:~/.ssh/id_rsa.pub node1:~/.ssh/2.pub 把node2的公匙复制到node1$ cat 1.pub 》 authorized_keys 把node1的公匙加入到node2的authorized_keys$ ssh node1 登录到node1$ cd ~/.ssh$ cat 2.pub 》 authorized_keys 把node2的公匙加入到node1的authorized_keys这里要保证authorized_keys的文件权限为600或者644：chmod 600 authorized_keys这样在两台电脑之间分别ssh登录过一次以后就能无密码登录了。注：另一种简便方法A） 在node1上执行 ssh-keygen -t rsa，将产生~/.ssh目录，以及两个文件d_rsa（私钥）和 id_rsa.pub（公钥）B） 在node1上执行cat id_rsa.pub 》 authorized_keys，把node1的公匙存到本地authorized_keysC） 执行scp -R node1:~/.ssh/ node2:~/ 把node1的。ssh目录复制到node2 的home目录下D） 在node1执行ssh node2，然后在从node2执行ssh node1，输入几个“yes”就完成了。2. 安装MPICH2从官网/research/projects/mpich2/index.php下载mpich2的最新版本mpich2-1.4.1p1.（1）创建目录并解压缩首先创建一个目录，将mpich安装到这个文件夹下mkdir mpich2在获得mpich2-1.4.1之后A） 将gzip压缩的文件解压：mpich2-1.4.1p1.targzip –d mpich2-1.4.1p1.tar.gzB） 将tar归档的文件解开tar xvf mpich2-1.4.1p1.tarC） 进入mpich2-1.4.1p1的目录cd mpich2-1.4.1p1（2）配置、编译A） 运行shell程序configure对mpich进行一些配置，使用smpd作为pm./configure --prefix=/home/walter/mpich2 --with-pm=smpd --disable-f77 --disable-fcB） 编译和安装makemake install注：在配置之前，要设置好系统时间，否则就会出现如下错误：pm的配置非常重要，安装时默认使用hydra 作为pm，而windows使用 smpd作为pm。因为对hydra不了解，如果配置时不指定pm，就会出现单机可以正确执行，而多机直接无法通信的问题。如：Fatal error in MPI_Send: Other MPI error, error stack:MPI_Send（173）……： MPI_Send（buf=0x2aa5