化学软件应用---ChemOffice[精选].ppt

（2）直接打开ChemDraw文件 Chem3D也可以直接打开ChemDraw文件。 【File】/【Open】，弹出【Open】对话框 在【文件类型】窗口中选择“ChemDraw（﹡.cdx； ﹡.chm ）”类型 单击【打开】按钮打开文件。Chem3D自动将 ChemDraw文件转换为3D模型。 蒸馏装置 2 Chem3D Chem3D是ChemOffice的组成部分，它能很好地 同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二 维结构式可以正确地自动转换为三维结构。Chem3D Ultra版还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序 MOPAC，还可以与著名的从头计算程序Gaussian连 接，作为它的输入、输出界面，能够以三维的方式显示 量子化学计算结果，如分子轨道、电荷密度分布等。 轨 迹 选 ? 2.1 Chem3D简介 （1）主界面 Chem3D提供了多种模型 表现三维分子结构。 简单的结构可以采用比例 模型、圆柱键模型或球棍模 型。复杂一些的结构可以采 用棒状模型或线状模型。 单 键 球 取 工 选 具 取 工 具 橡 皮 文 本 工 具 虚 键 叁 键 双 键 模型窗口 ChemDraw窗口 Chem3D的文件扩展名为“.c3d”，模板文件名为 “.c3t”。还可以将3D模型存为其他格式的文件，或者存 为图像文件。 乙烷的五种3D显示属性（从左至右为线状模型、棒状模型、球棍 模型、圆柱键模型、比例模型） ? 3.2.2 建立3D模型 Chem3D提供了多种多样的3D模型建立方法。可以 利用单键、双键或叁键工具直接绘制3D模型，可以将 分子式转换成3D模型，也可以利用Chem3D提供的子 结构或模板建立模型。 （1）利用键工具建立模型 单击工具栏上的单键按钮 将鼠标移动至模型窗口，按住鼠标左键拖出一条直 线，放开鼠标即成乙烷的立体模型 将鼠标移至C(1)原子上，向外拖出一条直线，放开鼠 标即成丙烷立体模型 将鼠标移至C(2)原子上，向外拖出一条直线，放开鼠 标即成丁烷立体模型 C1 C1 C4 C2 （2）利用文本工具建立模型 单击工具栏文本工具按钮 将鼠标移至模型窗口，单击鼠标出现文本输入框，在 输入框中输入“C4H10”，按回车键，Chem3D自动将 输入的分子式变成丁烷3D模型 若化合物带有支链，可将支链用括号括起来。 异丁烷模型 异戊二烯模型 4-甲基-2-戊醇模型 输入一组氨基酸的缩写，可建立多肽的3D结构。如 输入“H(Ala)12OH”，然后用轨迹球按钮转动模型，从 α-螺旋的中间部分看过去，即为下图得到的模型。 若模型很复杂，可以考虑改用线状模型显示，在显 示螺旋时也可以使用带状模型。 多肽的α-螺旋 （3）使用子结构建立模型 Chem3D提供了子结构库， 我们可以选择其中的子结构，然后 将他们拼装起来，组成复杂结构。 【View】/【Parameter Table】/ 【Substructure】菜单命令，弹 出【Substructure】窗口，单击 【Phenyl】（苯基）的【Model】 选中之 单击工具栏上的复制按钮，复制该结构 在3D模型窗口中，单击粘贴按钮，将子结构粘贴至窗 口，使用轨迹球按钮使其处于正面结构， 【Structure】/【Reflect Model】/【Invert Through Origin】将图形置于与原来呈镜面对称的位置 再次单击粘贴按钮，在窗口中就复制了两个苯环 单击工具栏中的虚键按钮，将两个苯环连接起来，即 得所要建立的3D模型。 （4）使用模板建立模型 【File】/【Sample Files】/【Nano】/ 【Buckminsterfullerene -C60】命令，出现C60的 3D模型。 还可以在此基础上修改模 型，例如可以接上一些官 能团。 C60的3D模型 ? 2.3 ChemDraw结构式与3D模型间的转换 Chem3D可以将ChemDraw的平面结构式转换成 相应的3D模型。3D模型也可以转换成平面结构式。 （1）ChemDraw结构式转换为3D模型 以苯丙氨酸结构式的转换为例： 在右边ChemDraw窗口中绘制出苯丙氨酸的平面结构 式（也可以使用氨基酸模板输入） 当结构式绘制完成后，即刻在左边Chem3D模型窗口 中出现苯丙氨酸的3D模型。 ChemDraw窗口 ChemDraw工具栏 Chem 3D模 型窗 口 ? 1.3.4 检查结构错误和整理结构式 ChemDraw可以检查绘制的结构是是否有问题，选 中结构式后，进行【Structure】/【Check