新一代测序技术在植物基因组研究中应用进展..docxVIP

第二代测序技术的序列分析方法及在油菜基因组研究中的应用摘要：从追溯DNA测序技术的产生开始，在简单介绍测序技术发展历程基础上及测序原理的基础上，总结了第二代测序技术的技术特点。总结了第二代测序技术序列分析的基本流程，重点介绍了序列拼接和序列定位这两个在序列分析中占有重要地位的分析方法，并在此基础上总结了第二代测序技术在植物基因组研究中基本应用和结果展示方式和所用的软件。随后，总结了第二代测序技术在序列分析上可能遇到的挑战和解决方法。结合油菜基因组结构的特点，初步分析了目前第二代测序技术在油菜基因组研究中的应用情况。最后对测序技术的发展及应用进行了初步展望。关键词：第二代测序技术，基因组测序，转录组测序、序列拼接、序列定位，甲基化分析、chip-seq，油菜基因组测序导论1测序技术的产生1第二代测序技术的产生及主要测序平台测序原理3第二代测技术的特点6第二代测序技术的基本分析流程6数据的获取、格式的转换和压缩。8序列数据的去冗余12序列数据的分析和知识提取：第二代测序技术的应用22结果的展示28第二代测序技术下序列分析技术面临的挑战29第二代测序技术在油菜基因组研究中的应用30展望32参考文献33导论生命的根本问题在于遗传进化和生长发育。生命体的遗传信息，决定生物的种类和特征，与外在环境一起影响着生物个体的生长与发育；同时遗传信息的世代传递，保证了物种的延续性，而遗传信息的随机改变，则在环境的选择下，促使了物种的进化。可见，生物的遗传信息，决定着生命的延续和生物个体的生存。探索作为遗传信息的载体物质以及解码遗传物质所携带的遗传信息都是生物学的重要研究课题。测序技术的产生自从孟德尔通过豌豆的杂交实验，提出遗传因子以及1886年瑞士生物学家Johann Friedrich Miescher发现并获得第一份纯核酸以来，DNA作为遗传信息载体的探索过程就已经开始了。DNA作为遗传物质的最初推测来自于WS sutton，他在发现细胞分裂过程基因的遗传模式与染色体的行为类似这一现象后推论出基因位于染色体上，随后，在科学家的工作下形成了染色体理论。然而，到底是染色体中的DNA还是核蛋白是遗传物质依然没有定论。Frederick Griffith和Oswald Avery等科学家的转化实验以及Alfred Hershey及Martha Chase等的转导实验给出了DNA是遗传物质的确切证据。受Martha等人噬菌体转导实验的影响，Click和Watson等科学家最终于从1953年从结构上证实了DNA是遗传信息载体这一事实。DNA的双螺旋结构的发现以及脱氧核糖核酸链携带和传递遗传信息的方式的阐明为随后在Click提出的“序列假说”和“中心法则”这一遗传信息如何决定生物特性学说。marshall.Nirenberg和John.Matthaei等分子遗传学家的努力下解开了DNA基于三联体密码的蛋白质编码系统并证明了这个编码系统在生物界的通用性以后，人们就一直在寻找解读DNA序列的方法。生物体的基因组包括了其生长发育的所有遗传信息。而快速并准确的获取生物体的遗传信息在生命科学的研究中具有十分重要的意义，是研究生物进化发育的基础，是人们充分利用各种生物技术改善人类健康、发展以生物技术为基础的育种技术的前提。DNA测序技术是解析遗传物质DNA所携带的遗传信息的一项技术，其主要目的就是通过一定的方法和仪器设备解读DNA大分子上4种脱氧核糖核酸的链接顺序，是进一步研究和改造目的基因的基础。早在1954年，Whitfeld提出了利用磷酸单脂酶的脱磷酸作用和高碘盐的氧化作用从核苷酸链末端分离单核苷酸从而测定其种类的方法，但这个方法因其复杂的操作要求远远不能在科学工作中实用。在科学家的不懈努力下，来自英国的Sanger及其同事和Gibert及其同事最终在DNA测序技术上取得了突破性进展，1977年分别发展出基于双脱氧链末端终止法和基于化学降解法的具有非常实用价值的DNA测序技术。DNA测序的化学降解法主要原理是利用特定的不同的化学试剂处理DNA片段，并在开始测序以前加上放射性标记，从而造成碱基的特异性切割，得到一组具有各种不同长度的DNA片段，最后经过凝胶电泳分离利用放射性自显影判读出待测序样品的DNA序列；利用双脱氧核糖核酸因为自身缺乏3‘-OH而使下一个核糖核酸不能参与反应的特性，Sanger测序法的主要原理是利用一种DNA聚合酶来扩增DNA模板，由于在DNA扩增时在dNTP中加入了ddNTP（双脱氧核苷三磷酸），所以DNA聚合酶在模板链中加入双脱氧核苷酸以后就停止扩增从而产生不同长度的片段，最后通过电泳分离这些长度差异片段判读出待测样品的DNA序列。早期，在基于手工的Sanger测序法中，使用的是放射性标记的引物，为了区分出四中碱基类型的终止信号，一套完整的D