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第二章 核酸化学 概 述 核酸的功能： 第一节 核苷酸 核酸（DNA和RNA）是一种线性多聚核苷酸，它的基本结构单元是核苷酸。  核酸 3`，5`-磷酸二酯键 核苷酸 磷酸酯键 核苷 磷酸 糖苷键 碱基 脱氧核糖（核糖） 1、核苷酸 组成核酸的戊糖有两种。DNA所含的糖为β-D-2-脱氧核糖；RNA所含的糖则为β-D-核糖。 1、核苷酸 腺嘌呤Adenine 1、核苷酸 鸟嘌呤guanine 1、核苷酸 尿嘧啶uracil 1、核苷酸 胞嘧啶cytosine 1、核苷酸 胸腺嘧啶thymine 核酸中除了上述五种碱基外，还有一些含量极少的碱基，称为稀有碱基。 稀有碱基种类甚多，RNA中特别是tRNA中含有较多的稀有碱基。 (3) 戊糖 组成核酸的戊糖有两种。DNA所含的糖为β-D-2-脱氧核糖；RNA所含的糖则为β-D-核糖。 1、核苷酸 由一个碱基和一个戊糖结合形成。共8种 (4) 核苷 糖与碱基之间的C-N键，称为C-N糖苷键 为了区别于碱基上的原子编号，核糖上的碳原子编号的右上方都加上“′” 如1-C′、3-C′等均表示核糖上第1和第3个碳原子。 1、核苷酸 核苷酸是核苷的磷酸酯。作为DNA或RNA结构单元的核苷酸分别是5’-磷酸-脱氧核糖核苷和5’-磷酸-核糖核苷。  核糖核苷的核糖环上的2ˊ、3ˊ、5ˊ位各有一游离的羟基，这些羟基均可磷酸化而形成2ˊ、3ˊ和5ˊ—三种核苷酸 脱氧核苷只在3ˊ和5ˊ位有游离的羟基，只能生成3ˊ和5ˊ—核苷酸。 将核酸用不同方法水解可生成上述各种不同的核苷酸。下面为几种核苷酸的结构式： 2、核苷酸的衍生物 ATP是生物体内分布最广和最重要的一种核苷酸衍生物。它的结构如下： 2、核苷酸的衍生物 环核苷酸普遍存在于动植物及微生物中。 2、核苷酸的衍生物 NAD：烟酰胺腺嘌呤二核苷酸 NADP：烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸 FAD：黄素腺嘌呤二核苷酸 第二节 DNA的分子结构 脱氧腺嘌呤核苷酸、脱氧鸟嘌呤核苷酸、脱氧胞嘧啶核苷酸和脱氧胸腺嘧啶核苷酸，通过3ˊ，5ˊ-磷酸二酯键连接起来的直线形或环形多聚体。 由于脱氧核糖核酸中C2′上不含羟基，C1′又与碱基相连，只能形成3ˊ，5ˊ-磷酸二酯键，所以DNA没有分枝。 见动画 1 多聚核苷酸特点 通过3′，5′-磷酸二酯键连接起来的 C5′带有一个自由磷酸基，称为5′-磷酸端（常用5′-P表示）； 另一端C3′带有自由的羟基，称为3′-羟基端（常用3′-OH表示）。 多聚核苷酸链具有方向性，当表示一个多聚核苷酸链时，必须注明它的方向是5′→3′或是3′→5′。 在讨论有关核酸问题时，一般只关心其中碱基的种类和顺序，所以上式可以进一步简化为： － PAPCPGPT－ 或－ PA－C－G－T－ ----ACGT---- 1953年，J. Watson和F. Crick 在前人研究工作的基础上，根据DNA结晶的X-衍射图谱和分子模型，提出了著名的DNA双螺旋结构模型. 并对模型的生物学意义作出了科学的解释和预测。 DNA双螺旋结构的要点 1. DNA分子由两条反向平行的多聚脱氧核苷酸链组成。一条链的走向为5’→3’，而另一条链的走向向为3’→5’。 两条链沿一个假想的中心轴右旋平行盘绕，形成大沟与小沟。 2. 磷酸和脱氧核糖作为不变的链骨架位于外侧，作为可变成分的碱基位于螺旋的内侧。 链间的碱基按A＝T和G C配对形成碱基平面，平面与纵轴近于垂直。 3.螺旋横截面的直径约为2nm， 相邻碱基平面的垂直距离为0.34nm， 螺旋结构每隔10个碱基重复一次， 间距为3.4nm。 4. DNA双螺旋结构在生理条件下是很稳定的，稳定力量主要有两个： 1.两条DNA链之间形成的氢键（hydrogen bond）； 2. 双螺旋结构内部碱基层层堆积，形成了一个强大的疏水区-碱基堆积力（base stacking force），消除了介质中水分子对碱基之间氢键的影响； 3.介质中的阳离子（如Na+、K+和Mg2+）可与磷酸基团上的负电荷形成离子键，降低了DNA链之间的排斥力、范德华引力等. 碱基间氢键 碱基间氢键 见动画 2 DNA双螺旋结构的多态性 A,B,Z型DNA构象的比较 见动画 3 RNA是DNA的局部转录产物，分子量要比DNA小得多。 RNA为单链分子，以3’，5’-磷酸二酯键相连。 配对原则是A＝U，G C，但不遵守