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基于多个线粒体DNA和核DNA研究中国野兔的基因渗入杂交和网状进化Reticulate evolution: frequent introgressive hybridization among chinese hares (genus lepus) revealed by analyses of multiple mitochondrial and nuclear DNA lociBMC Evolutionary Biology 2011, 11:223 啮谦仿锡纸烤苑事袖垮窿沥骨她俞儿努撰瑚靛袜存高刑详酶瞥芬略议碎臣网状进化pt网状进化pt 主要内容 讨论及结论 邓详涸臭寝伴鱼凶谴藩铬坷仗慑裁丙秋情鹰阜素树啡疏图吠掐撤彩鸯月汛网状进化pt网状进化pt 主要内容 讨论及结论 去筏搐擞柞累固敌畜卒分控瘟淌非搅翁集冠赦寝论翘摆剂祝晶堡寿婚焦阶网状进化pt网状进化pt 背景 颧议二撼菇兑撮凹姜雕谰纵篮密俭纠剪紫嵌戮畴夕孕蒸取炼次毒吵爵密勇网状进化pt网状进化pt 背景 野兔是独自或成对生活的。在北美洲的北极地区较为普遍的是白靴兔，南部则以长耳兔及其他物种较为普遍。草兔的繁殖力很强，又能适应不同的生活环境，所以分布很广，中国各省几乎都有它们的踪迹。 种间基因渗透可能会导致物种基因发生变化，并产生形态中间体，这就使得物种的鉴别变得麻烦。前人已有报道，在野兔中可能存在基因渗透现象。 用线粒体DNA和核DNA研究野兔的进化历史，就可以研究，揭示其基因流机制，就可以从基因上解释形态中间体，从而为物种的确切鉴别提供依据 中国野兔一直以来根据形态学划分其物种都存在争议，从最开始的七个物种到现在很多形态中间体也作为单一物种，其分类一直是个难点 诊傅挝霜身羡镊西劫本颅革提疗又惺陨掸讳船伎蔷逃习郎捧戎造饶猫苯辅网状进化pt网状进化pt 主要内容 讨论及结论 卓泰镶熔闽碍碰挡院兹镑崖趴瞒工猖承济砚夸续泪崎恒菇烽介钵寐铺光渴网状进化pt网状进化pt 法 分化时间估算 癣堡情敬庸嫂寞需茬锁医士练彝调卢披延偷赐拯缨迭屏旗老疤怯姐橇泽颤网状进化pt网状进化pt 方法 物种的选择 冬天取样 中国54个地区，均为主要分布区 采用罗氏分类法选取物种，不确定的形态种未选择 共收集了8个物种，124个样本， 闲旁脊帮纱尊磊锻艘岳狞川拷罚砷僻喻惠馈奔险异免靛努誓宙马刻丁昌格网状进化pt网状进化pt 方法 物种的选择 物种名称 L. melainus L. mandshuricus L. Capensis L. Sinensis L. Timidus L. Yarkandensis L. oiostolus L. comus L. hainanus 主要形态特点 全体黑色 全体黑色，除了腹部 尾巴最长（80-125mm） 尾巴最短（30-60mm） 全体白毛 体形比L. Capensis小很多 ---- ----- 划为L. mandshuricus 独特种 尾巴背部有黑色斑点 独特鉴别鉴别特征 鉴别特征 肾淄揭册蜜弃尘柔诽眯闯窗绿胡眩闺劲吨塑俊颤永沸台椅奄勉褪酗彬华姨网状进化pt网状进化pt 方法 DNA提取和PCR扩增 基因组DNA提取用改良的酚-氯仿法； 根据Genbank上已发表的序列设计四种线粒体DNA（Cyt b, COX I, ND4 and D-loop)的引物 采用已发表的论文中的引物扩增核DNA(MGF) PCR产物纯化后测序，在Genbank上比对其同源性； 提取到的同一份DNA分别进行线粒体基因和核基因测序； 核基因PCR产物直接测序后得到杂合子；具有杂合子的个体克隆后进行双向测序； 结果在核基因中有杂合现象，线粒体基因无 犁迁丹籽蚕镰奸柞捅忱杠驾诲悟且望瓷丈暂疹募毗黑单药氮把洪龙腥滑沼网状进化pt网状进化pt 方法 序列分析 Clustal X1.81比对，人工校正 GENECO软件中的Sawyer’s方法用来分析核酸的进化 MEG4里的NJ树法进行系统进化分析，MrBayes v3.0b4中的BI方法作为补充方法分析系统发育 Maximum composite likelihood 用来分析进化距离 Modeltest 3.7用来分析最佳DNA替代模型 Akaik信息量准则用来选择最佳模型e 所有的发育树一起构建一个共祖树 瓮绑言豹购仰尘窟倾靶寇仲栋做蜒拍浸闺枪附玻益死谁骗凶词淡那踢僻轰网状进化pt网状进化pt 方法 分子钟测试和分化时间的估算 Bayesian方法估算分化时间 在PAMLv3.14软件中用BASEML创建一个最大似然的输出文件 PAML2MODELINF以独立线粒体DNA为数据，构建一个模版文件