STITCH 4.0 化合物与蛋白质互作.docxVIP

#软件工具#STITCH 化合物与蛋白质互作STITCH数据库是一个用于检索已知的以及被预测的化合物和蛋白质之间互作关系的平台。化合物与蛋白质之间的互作关系通过实验验证，数据库，以及文献中的研究被证实。STITCH数据库中包含超过30,000的小分子化合物以及来自1133个物种的260万个蛋白质之间的互作关系。STITCH数据库从分布在文献和多种生物学途径、药物靶点关系和结合亲和力的数据库整合了小分子和蛋白质的相互作用。相互关系合并自BindingDB, PharmGKB?和the Comparative Toxicogenomics数据库。结果网络可以交互式检索或用于大规模分析的基础。今天我们就利用STITCH分析蛋白质互作关系，简要介绍工具的使用方法。首先下图是STITCH数据库的主界面。图中提供了多种检索模式，包括提供化合物或蛋白名，结构信息，蛋白序列，以及多个蛋白或化合物同时检索。同时下面organism提供了上千种物种可以选择，这里我们选择人类homo sapiens,点击GO如图，input gene被逐个进行注释，可以观察每个基因对应的基因名，这里其实也间接起到了ID转化的作用，可以很方便的获得input gene对应的蛋白名。接下来我们点击continue如图即为我们获得的基因之间的互作关系，不同的互作类型用不同颜色的边进行标注。这些互作类型我们可以灵活的进行选择，只需在想要的互作关系后面点勾就可以了。上图中红色方框中为input gene的功能描述，可以非常详细的查看每一个基因的生物学作用。下面紫色方框为通过底层数据记录的互作关系，预测出的最显著的互作基因。后面对应的score为综合互作关系（网络邻居，基因融合，实验验证等等）更多可以关注上海丰核官网微博微信-进行评价打分，score越高，置信度越高。同时数据库也提供了交互分析工具，例如对input gene进行聚类分析，如图：或者进行富集分析，这里功能富集分析采用了多种可选的富集方法，例如GO term, pathway, domains等。如下图所示：STITCH 4.0版本是一个开源免费的数据库，其底层数据包括验证数据以及预测数据，因此在数据量上完全可以满足一般的分析要求。同时所有的底层数据都提供下载，包括化合物，蛋白，互作关系等。详细在化合物和蛋白互作分析过程中，STITCH会成为您新的选择。 上海丰核信息科技有限公司