生物信息学讲座-2016-7-15-未删减版 - 副本.pptx

生物信息学在生命科学研究中的应用（初级篇）生物信息学的发展历程（一）前基因组时代的生物信息学（二）基因组时代的生物信息学（三）后基因组时代的生物信息学（一）前基因组时代的生物信息学以研究序列比对为标志的现代生物信息学则起源于20世纪70~80年代。这一阶段的主要成就包括核酸和蛋白质序列的初步分析、生物学数据库的建立以及检索工具的开发。例如Dayhoff的替换矩阵、Neelleman和Wunsch的序列比对（sequence alignment）及GenBank（由美国国立生物技术信息中心建立和维护的核酸与蛋白质序列数据库）等大型数据库的建立，形成了生物信息学的雏形。（二）基因组时代的生物信息学以基因组计划的实施为标志的基因组时代（1990年至2001年）是生物信息学成为一个较完整的新兴学科并得到高速发展的时期。这一时期生物信息学确立了自身的研究领域和学科特征，成为生命科学的热点学科和重要前沿领域之一。 这一阶段的主要成就包括大分子序列以及表达序列标签（expressed sequence tag，EST）数据库的高速发展、BLAST（basic local alignment search tool）和FASTA（fast alignment）等工具软件的研制和相应新算法的提出、基因的寻找与识别、电子克隆（in silico cloning）技术等，大大提高了管理和利用海量数据的能力。（三）后基因组时代的生物信息学随着人类基因组计划的顺利进行，人类全基因组测序工作已经完成。测序工作的完成并不代表基因组计划的结束，相反标志着“后基因组信息学”的开始。基因组学研究也由结构基因组转向了功能基因组的研究，通过对基因组的分析来了解生物体的功能成为后基因组时代的主要目标。后基因组时代，生物综合论将成为生物学的主流研究方法。人们在网络观点下、在分子相互作用网络水平理解生物学的基本原理。后基因组生物信息学有时也称为功能基因组系统学。功能基因组系统学的出现，是生物信息学领域的一个重大变化，它由主要以整理、储存、分析生物学数据或知识转变为综合多种生物分子及其相互作用的知识来了解生物系统的功能。后基因组时代研究对象的多层次性后基因组研究对象是多层次的，人们从包括基因组（Genome）、转录组 （Transcriptome）、蛋白质组（Proteome）、相互作用组（Interactome)、定位组（Localizome）、折叠子组（foldome）、代谢组（Metabolome）、表型组（Phenome）等方面，从组的角度研究各类生物学过程。如果说基因组问题涉及遗传图谱（Genetic map）、限制性图谱（Restriction map）和物理图谱（Physical map），那么其它的组学涉及功能图谱（Functional maps）。专业的抗体顾问----巴傲得但现在更加合理的看法是基因组只是细胞中分子之间相互作用的整个网络的一部分。基因组只是细胞指令的大仓库，相互作用网络本身才是那个所谓的指令系统，这个系统遵循固有程序引导发育过程，并产生生殖细胞。后基因组生物信息学是以对一系列生物学知识的综合为特征的，是在网络观点下、在分子网络层次上研究和理解生命的基本规律。功能基因组学发展趋势功能基因组学发展的一个最新和重要领域是系统生物学（Systems Biology），系统生物学研究问题有如下三个特点：1、更好整合生物过程不同阶段的分散数据如整合基因组、转录组、蛋白质组和代谢组的数据，得到对生物学过程的总体认识。另外一个方面是为了满足整合数据库的复杂查询。2、对复杂生物过程的更好模拟包括蛋白质折叠和复杂系统建模（如信号/代谢通路和发病机理）3、生物过程动态研究从一个通路的成分到一个通路的动力学功能基因组系统学正如前面所述，在相互作用网络背景下阐释“功能”是功能基因组系统学的一个主要特点。另外一个特点是复杂系统的思想，把生物体看作一个复杂系统进行研究。主要有三个特征：1 多层次数据整合整合包括基因组、蛋白质组、转录、表达和调控路径等方面数据2 系统的复杂性特点具有复杂系统的自组织、自调控和突变等特点3 信息学分析采用信息学方法对多种数据进行分析是功能基因组系统学的又一特点 传统生物学关注的是一个一个的通路，而后基因组生物信息学则希望研究各个通路之间的相互作用，构成一个复杂的相互作用网络，从而从更高的层面上理解生命过程。通俗地说：传统生物学看到的是树木，后基因组生物信息学则看到的是森林。整合多层次数据在网络层面研究细胞内复杂生物过程的基本思想。生物信息学系统化概图专业的抗体顾问----巴傲得讲座提纲一、文献检索与管理二、基因与基因结构预测三、序列拼接、引物设计及进化分析四、蛋白质性质与结构分析五、基因注释与功能分类 专业的抗体顾问----巴傲得一、