第五章分子进化分析MOLECULAREVOLUTIONANALYSIS.pptVIP

第五章 分子进化分析 MOLECULAR EVOLUTION ANALYSIS 第一节 引言 分子进化开始于20世纪60年代，近20年来由于分子遗传学资料的迅速积累，成为计算生物学和和生物信息学等新兴学科的重要组成部分。 尤其人类基因组测序后，推动了分子进化的进一步发展，序列保守性，基因表达和网络的进化等研究内容不断的出现在最新的研究中，充实了生物信息学的研究范围。 第二节 系统发生分析与重建 一、核苷酸置换模型及氨基酸置换模型 两个序列间的核苷酸差异 对于一种同源的核酸分子来说，它在亲缘关系越近的生物之间差异就越小，相反差异 就越大，即两同源分子分歧的时间与它们之间的序列差异成正比。 同一条祖先序列传衍的两条后裔序列，它们的核苷酸差异随时间而增加。一个简便的描述序列分歧大小的测度是两条后裔序列中不同核苷酸位点的比例。 以下，我们称此估计为核苷酸间的p距离 尽管总核苷酸替代能用公式计算，但我们常常也需要知道两个序列间（即序列和）不同核苷酸对的频率。在每一序列中，有4种不同核苷酸（A,T,C,G），故两条序列相应位点配对时可有16种不同类型的核苷酸对 如果4种核苷酸间的替代是随机发生的，当P很小时，Q约为P的2倍。实际上，通常转换比颠换出现更频繁。因此，P将大于Q/2。当序列间的分歧度低时，转换对颠换的比值（R），