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生物資訊(Bioinformatics) 蔡懷寬 E-mail: d7526010@.tw Please tell me Why you are here? Make a definition of bioinformatics Introduction What is bioinformatics? Why bioinformatics? The past, current, and future in bioinformatics 什麼是生物資訊學？ 它是一個跨領域的學門： 結合生物、資訊科學、數學、物理及化學等領域 終極目標：了解生物特性及生命本質 重要的子領域： 大量資料的分析演算法及統計方法 各種生物序列, 結構, 功能及演化的分析與解釋 管理及使用各種型態資訊的軟體工具 為什麼需要生物資訊學？ 為什麼需要生物資訊學？ 生物相關資料的累積迅速，資料量非常大，亟需電腦協助分析 The GeneBank Data (9/25/2002) Protein DataBank Data (9/25/2002) 為什麼需要生物資訊學？ 生物相關資料的累積迅速，資料量非常大，亟需電腦協助分析 提供實驗設計更宏觀的看法，從以往個別基因的研究，邁向整個基因組的研究 透過資料挖掘來了解基因功能及蛋白質結構 更進一步了解演化歷史及物種間的演化關係 基因組(genome) All the genetic material in the chromosomes of a particular organism Its size is generally given as its total number of base pairs. 基因組的大小 Human: 3000 million bases Mouse: 3000 million bases Drosophila (fruit fly): 165 million bases Nematode (roundworm): 100 million bases Yeast (fungus): 14 million bases E. coli (bacteria) 4.67 million bases 人類基因組解讀計畫 簡稱為HGP (Human Genome Project) 主要目標有： identify all the genes in human DNA, determine the sequences of the 3 billion chemical bases that make up human DNA store this information in databases develop tools for data analysis transfer related technologies to the private sector address the ethical, legal, and social issues (ELSI) that may arise from the project Human Genome HGP的沿革與進展 HGP從1990年起開始進行 HGP是由美國及英國所主導的一項全球性計畫 2000年六月與Celera私人公司共同宣布人類基因組的初稿已完成 HGP的沿革與進展(續) 2001年2月: Initial sequencing and analysis of the human genome (Nature, Vol. 409, 15 Feb. 2001, by International Human Genome Sequencing Consortium) The sequence of the human genome (Science, Vol. 291, 16 Feb. 2001, by J. C. Venter, et al.) Biology moves into the silicon stage Before HGP String analysis Pair-wise, multiple sequence alignment Sequence Analysis? Alignment Pair-wise alignment SURVIVE SURVIVE SURIUE SUR- IUE Multiple sequence alignment Before HGP String alignment Pair-wise, multiple alignment Linkage analysis Linkage Analysis Before HGP String alignment