chapt5-单晶汕头大学解说.ppt

2. Selecting Atoms 3. Deleting Atoms 4. Changing a Label and Atom Type 5. Tuming Labels On and Off 6. Displaying the Unit Cell 7. Viewing Bonds and Angles 8. Viewing Longer Distances with Environment 9. Determining a Plane or Weighted Plane 10. Calculating a Centroid 11. Viewing the Listing File 12. Using Grow(to Add Symmetry-Related Atoms) 13. Displaying a Fragment of the Model(Unique) 14. Restoring All Fragments to the Display(unUniq) 15. Trimming the Atom List 16. Displaying a Packing Diagram 17. Viewing Bonds information 18. Deleting Bonds 19. Viewing Atom information 20. Sorting Atoms 21. Adding Hydrogen Atoms 22. Determining Hybridization Types 23. Tuming Hybridization Colors On or Off 24. Calculating Hydrogen Positions 25. Editing the Current .res or .ins 26. Performing Least Squares Refinement of Atomic parameters 27. Look at Thermal Ellipsoid 对于具有确定立体结构的有机基团，可采用理论加氢；对于无法理论加氢的，如水分子，可从差值Fourier图中找出氢原子，参加精修的情况视 数据的质量而定 C 计算/指认并精修氢原子 理论加氢的方法 退出XSHELL，在Edit-.ins文件的命令区，添加指令： HFIX mn 需加氢原子名（产生AFIX固定） m 是一或两位数，指定氢的类型： =1 叔-H， =2 仲-H， =3（或13） 伯-H， =4 芳-H， =8（或14） X-O-H， =9 X=CH2或X-NH2， =15 笼状B-H n 是一位数，指定固定的类型： =1 坐标、占有率、位移因子固定， =2 占有率、位移因子固定， =3（或7） 坐标固定， =4 同3，但允许修正X-H的键长（方向固定） 然后进行XL精修，完成后进入XSHELL继续精修 也可在XSHELL中先点Atoms-Hybridize All 再点Atoms-Calculate Hydrogens 然后检查H加的是否合理，如不合理，可打开Edit-Edit Current File修改不合理的部分，再用Refine继续精修 还可在XSHELL中先选择同类原子，再用Select Atoms Set HFIX分别进行加氢 D 进一步精修更多的晶体学参数 先在ins文件中写入要精修的参数指令，再进行精修 例如： SIZE 0.38 0.32 0.24 HTAB 2 CONF CONF X1 X2 X3 X4 BOND $H BIND X1 X2 X3 X4_$1 MPLA n X1 X8 EQIV $1 X-1,Y+1/2,-Z OMIT 1 -2 4 输入晶体的尺寸 计算氢键并写入lst文件 计算所有的扭转角 计算这四个原子间的扭转角 加上$H，可计算包括H在内的各种健长和键角 计算输入的原子对的健长和键角 计算输入的前n个原子的平面，并给出所有输入原子偏离该平面的距离，还能给出与前一个平面间的夹角 提供所键合原子的对称操作码 MOVE xi yi zi 删除h、k、l 分别为1、-2、4的坏点 移动坐标 EXTI x 精修消光效应，x 是程序自动产生的 这些计算一般在作数据表时进行 找出对称操作码的方法： 而用ENVI命令会得到有关的用四位数字表示的