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基因的进化 2014年4月 基因的进化 1 2 3 研究内容 2 研究方法 3 以MHC基因为例阐述 4 进化基因组学 利用基因组数据研究差异基因功能、生物系统演化，从基因水平探索生物的进化 基因组水平理解和诠释进化 新基因的分析研究 基因的进化——进化基因组学 研究内容 研究系统进化学常采用的两个关键步骤： 一方面在不同物种中鉴定同源性特征 另一方面利用构建系统进化树的方法比较这些特征，进而重新构建这些物种的进化历史 基因进化的研究主要集中在两个方面 比较不同基因数据的基础上，从基因组水平理解和诠释生物进化 通过对新基因的分析研究探索基因过程的规律 研究内容 全基因组进化分析 构建系统进化树 基因组进化策略 生物功能变化与进化机制 基因注释 新基因 基因产生机制 新基因固定及其动力学研究 研究方法 利用基因组数据分析和研究新基因的产生和演化 利用基因组数据进行系统进化分析 基因序列的方法和全基因特征的方法 基于基因序列的方法需要利用clustalW等工具将直向 同源基因对齐并进行多样基因序列的校直，并对直向同源 基因明显校直位点进行分析（如利用Gblocks）。一旦这个 关键步骤实现，能够从不同基因（经常是不同长度或包含 不同的物种集合）的校直中利用两种不同的方法继续进行 系统进化的推测：一种是超矩阵法，倾向于分析