基因组数据库的应用.ppt.ppt

基因组数据库检索的几个问题 NCBI、UCSC及Ensembl有时对同一基因使用不同的符号，但是数据基本一致。这3个站点之间可以自由地穿梭。 问题三 已知一段mRNA序列，怎样在人类基因组图谱中找到对应的DNA片段？ 一旦它的位置确定，如何找到选择性剪接位点位置？ mRNA登录号 BG334944 获得序列 NCBI 确定位置 UCSC 一段序列 GGCCTAAGTCGCCGCAGAACTGCCACGTGGGGATGAGATTTGCTGGGCTGGTAGCGGCGGCTGCTGCGGG GTCCCGCCCACGTGAAGCCAGCCTAACTGAGCTCTGGACTT…………. * * 分子生物学实验中常见的问题 我要研究的基因（或序列）在哪？ 有人研究过吗？研究到什么程度?有哪些经典文献？ 这个基因有什么功能？ 有几个外显子？产物有多大？ 设计PCR引物？文献上的引物准不准？ cDNA序列到哪里找？有无可变剪接？ 小鼠等其他生物的基因组中有无同源基因？ 公共生物信息数据库 美国国立生物技术信息中心 (NCBI) UCSC(University of California,Santa Cruz)基因组浏览器 EMBL – EBI 如何找到一个感兴趣的基因及相关信息？ 一旦基因在图谱上被定位，又如何方便地找到同一区域的其它基因？ 问题一 美国国立生物技术信息中心 (NCBI) 的Entrez Gene NCBI主页网址为/ UCSC(University of California,Santa Cruz)基因组浏览器 UCSC主页网址为/ 利用NCBI的Entrez Gene 输入基因名称 染色体 STS 数据库编号 蛋白、疾病、基因 如何找到一个基因的序列？此序列除了含有所有已注释的外显子和内含子外，还有用于引物设计的一些碱基？ 问题二 第一外显子 SNP Ensembl EMBL – EBI（European Molecular Biology Laboratory和European Bioinformatics Institute）以及the Sanger Institute共同支持。包含各种真核生物基因组信息。 / 外显子信息 * *