2011生物信息学复习资料.docVIP

生物分子序列核心数据库是（Genbank）、（uniprot）、（PDB）。 进行序列比对时，有两方面问题直接影响相似分值，（取代矩阵）和（空位罚分）。 美国国家生物技术信息中心的英文简写是（NCBI） 三大核酸数据库是（genbank）、（embl）、（DDBJ）。 进行序列相似性搜索时候可以到（NCBI）网站上的选择相应的（BLAST），也可以到(EMBL)选择（FASTA）。 进化树主要分为两类，（序列）进化树和（结构）进化树。 基因组不仅是（基因）的简单排列，更重要的是它有独特的（组织）结构和（信息），这种结构是在长期的演化过程中产生的，也是基因发挥功能必须的。 蛋白空间结构的基础是（一级结构）。 人类有（24）种单倍染色体，双倍体为（46）条 在进行引物设计时可选用（NCBI）网站上的（Primer Blast）软件。 蛋白质的二级结构是指蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构，主要为(螺旋、(折叠、(转角、无规则弯曲 在NCBI对蛋白质进行BLAST数据库相似性搜索的输出结果中，结构总览图类出了红、粉、绿、蓝、黑5种颜色，代表同源性最高的颜色是红色 常用打分矩阵有BLOSUM和PAM，其分歧度从低到高的顺序是：BLOSUM 90，BLOSUM 60，BLOSUM 30；PAM30、PAM60、PAM90。 可以进行多序列和进化树分析的软件有：Clustalw 在genba