生物信息学概论第二章数据库搜索与两两比对.pptVIP

途中箭头指示了部分打分表中的合法路径，每条路径代表若干等价最优比对 路径自右下至左上排列自来分别是↖ ↖ ↖ ↑ ↑ ↖ ↖ 根据这条线路，可以重建比对，可以得到以下这个得分为2的最优比对 A C T C G 2.6 全局对比与局部比对2.6.1 准全部比对 到目前为止，所有讨论的基本比对算法仅是做了全局比对。而比对两序列时，这并不总是可取的。假如从AAACACGTGTCT中搜寻段序列ACGT。在若干种两序列比对中，我们需要的是区别对待末端空位与序列内部空位 这种比对称为准全局比对 (semiglobal alignment) 准全局比对 (1) 通过初始化部分打分表，表格第一行与第一列为零； (2) 允许表格最后一行与一列横向与纵向的移动不被罚分； Needleman 和 Wunsch 算法的改进 （准全局比对） 2.6.2 Smith-Waterman算法 准全局比对有时有点不能为序列搜索提供所需的适应性 需要进行局部比对 例如：两条序列 AACCTATAGCT 和 GCGATATA，用准全局比对算法，空位罚分为-1， 匹配奖励为+1，失配得分为-1，得： 局部比对时，表中小于零的位置用零代替 AACCTATAGCT GCGATATA A A C C