基因组作图学习指导书.ppt

此RFLP标记是否与紫色种皮基因连锁？遗传距离是多少？ 0.5/10＝5%＝5 cM 重组率的极大似然估计 r0.5，两座位间存在连锁； r=0.5，两座位间没有连锁。 L ( )为似然函数 两种概率的似然比为：L (r) / L (0.5)，取以10为底的对数，即为LOD值。 若确定两对基因之间存在连锁，一般要求似然比大于1000:1，即LOD3； 若要否定连锁的存在，则要求似然比小于100:1，即LOD2。 交换干扰与作图函数 由于交换干扰，两基因座间的实际双交换值往往小于理论双交换值。干扰程度用符合系数C表示； 若两基因座相距较远，则其间的双交换很难鉴别 ? 重组率估算的图距会比真实图距小 ?作图函数来矫正。 2r (1/4) ln[(1+2r)/(1-2r)] Kosambi (1944) 1 -(1/2)ln(1-2r) Haldane (1919) 0 r Morgan (1928) 符合系数C= 作图函数M = f(r) 73.6 54.9 34.7 21.2 10.1 1.0 Kosambi 115.1 80.5 45.8 25.5 11.2 1.0 Haldane 50 40 30 20 10 1 r (%) 作图函数 重组率(r%) 和遗传距离(cM)的关系 图距单位M (Morgan)：1M定义为1个配子1个世代平均发生1次交换的图距。1M=100cM。 2.3.3 DNA标记分离数据的数学处理 分离数据的收集与数字化 将电泳带型数字化 ? 获得分离群体不同个体的多态性信息； DNA标记带型数字化的基本原则：必须区分所有可能的类型和情况，并赋予相应的数字或符号； F2群体的共显性标记共有4种类型：P1型、P2型、F1型和缺失数据，可用数字1、2、3、0分别表示，如F2群体的RFLP。 F2群体的显性标记，还有两种情况：P1对P2显性，P1型和F1型作为1种类型，记为4； P2对P1显性，P2型和F1型作为1种类型，记为5； BC1、DH和RIL群体：每个分离的基因座都只有2种基因型，不论是共显性还是显性标记，两种基因型都可以识别，加上缺失数据，共有3种情况。 P1 P2 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 2 1 2 1 2 2 3 3 3 0 质量性状表型的数字化 在分析质量性状基因与遗传标记之间的连锁关系时，也必须将有关的表型数字化，其方法与标记带型的数字化相似； 将质量性状经过数字化处理后，就可与DNA标记数据放在一起进行连锁分析。 DNA标记数据的收集和处理应注意的问题 应避免利用 (删除) 没有把握的数据； 对亲本基因型的赋值，在所有的标记座位上必须统一，不能混淆； 当两亲本出现多条带的差异时，应通过共分离分析鉴别这些带是属于同一座位还是分别属于不同座位。如属不同座位，应逐带记录分离数据。 P1 P2 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 2 1 2 1 2 2 3 3 3 0 P1 P2 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 2 1 1 1 2 2 1 1 1 0 1 2 2 1 2 1 2 2 1 1 0 1 2 1 2 1 2 2 1 2 2 0 构建DNA标记图谱的软件 软件名称及简要介绍、操作系统、参考文献及获取软件的网址信息： /soft/list.html 目前应用最为广泛的作图软件mapmaker/exp： /ftp/distribution/software/mapmaker3/ 2.3.4 饱和DNA标记连锁图谱的制作 一个基本的DNA标记连锁图谱要求染色体上的标记平均间隔不大于20cM； 主基因定位：平均间隔要求在10~20cM或更小； QTL定位：标记平均间隔要求在10cM以下； 利用连锁图谱进行基因克隆：要求目标区域标记的平均间隔在1cM以下。 遗传图谱的饱和度：单位长度染色体上已定位的标记数或标记在染色体上的密度。 遗传图谱达到特定饱和度所需的标记数 75 150 300 1500 3000 25 50 100 500 1000 125 250 500 2500 5000 75 150 300 1500 3000 165 330 660 3300 6600 20cM 10cM 5cM 1cM 0.5cM 图 谱 饱 和 度 7.1×105 1500 473 7.0×104 500 140 2.5×106 2500 1000 4.5×105 1500 300 3.3×106 3300 1000 kb cM kb/cM 基 因 组 大 小 番茄 拟南芥 玉米 水稻 人类 生物 2.3.5 比较作图 (comparative mapping) 比较作图：利用一物种的DNA标记对另一物种进行遗传或物理作图； 分子基础：不同物种间DNA尤其是编码序列的保守性