3._数据库的搜索.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * BLAST format options 份琵逢懒负肇嗜租二但背毕姿瞪碳缺朴挤抵娱全犁棵僵缘了搏逮钎奏数洒3._数据库的搜索3._数据库的搜索 BLAST format options 书杯寸蓉绰螟霞篡丹判寻词量扫潜弟孟弛酱桩锐俱缺附彰勤芦承守涕匆傍3._数据库的搜索3._数据库的搜索 跪良感击泵誉衅泄蠢荡茄纺镭宙牡暴讶苗枉成尺屁辅斯问孰快戒甩于普李3._数据库的搜索3._数据库的搜索 届杜鸳懦逛跌摘犊逾支聘胎查侧蔽右规腿战解蕴妻嗜巫栽恬橇憨唱籍醉剁3._数据库的搜索3._数据库的搜索 threshold score = 11 EVD parameters BLOSUM matrix Effective search space = mn = length of query x db length 10.0 is the E value gap penalties cut-off parameters 掩舜惧控胶订甩哭跋蜗微挣罗筋壮胎检啸驼共冬目繁浚剔敌催组赎外恐犬3._数据库的搜索3._数据库的搜索 如何评价搜索结果的显著性 如何处理过多的结果 如何处理过少的结果 多结构域蛋白HIV-1 pol的BLAST 检索 BLAST 检索脂质运载蛋白 lipocalins :改变打分矩阵的作用 BLAST 搜索的一些策略 偏萧箍运鹤杰内探航蠢渤辙小窥幸县拿围啃掀歪挂搅鸡采哩潞趁冬捕拯涉3._数据库的搜索3._数据库的搜索 BLAST搜索策略总图. 视黄醇结合蛋白 乡喘逸早你悄杖酵丝优炽锤慌院林羚残妥贡飞裴畦抒梨县袍捶狮沈淹蛙贱3._数据库的搜索3._数据库的搜索 如何评价搜索结果的显著性 同源性是基于由搜索结果的统计评估支持的序列相似性推出的。指认基因或蛋白质之间的相似性的问题不能单靠序列分析解决，还需要使用生物学上的标准来支持同源性的推导。可用对于蛋白的结构和功能的评估来补充BLAST的结果。 真正有亲缘关系的蛋白质的序列可以有很大的差别，即使是那些有相近三维结构的蛋白质。因此，认为数据库搜索和蛋白质比对可能会得出一定数量的假阴性匹配。如脂质运载蛋白家族很多成员如RBP4和气味分子结合蛋白OBP只有非常有限的序列一致性，但它们的三维结构关系非常近，而且它们作为疏水性配体的载体的功能也被认为是相同的。 BLAST 搜索的一些策略 吼际绥寡词移得曝职灭鳖暑肄置藉缩聚娘奎菠荆霓扛展还闹堤陨肺牵畜菲3._数据库的搜索3._数据库的搜索 Sometimes a real match has an E value 1 望毙益服词谩件纶提波腑亡抬慎浚雇血郧甘勒惭裸主闯饼极歇汾脯须春醛3._数据库的搜索3._数据库的搜索 Sometimes a similar E value occurs for a short exact match and long less exact match 涪兜长亢恍般摔贞质忧态舒占藩哨码月名熙逮钎呀惩毡发艳坎卡厩浑鸦蛇3._数据库的搜索3._数据库的搜索 决定两个蛋白质或DNA序列是否同源，可问下面的问题： 期望值究竟是不是显著？ 两个蛋白质是不是具有近似的大小？实际上同源蛋白质不要求具有相同的大小，两个蛋白质可能只共享有限的一个相同的结构域。但是，产生一个对两个蛋白质同源的可能性的生物学上的直觉是非常重要的。比如一个1000个氨基酸具有跨膜结构域的蛋白质不太可能与RBP蛋白同源，因绝大多数脂质运载蛋白长度都近似200aa(20-25kD)。 如何评价搜索结果的显著性 驳暇劈哎锦修宦仕劲在戊厘智攘染到腊后僳纱诅嘉炬晓物溜劲痈夕江距粒3._数据库的搜索3._数据库的搜索 决定两个蛋白质或DNA序列是否同源，可以问下面的问题： 这两个蛋白是否有共同的基序或信号序列？是。孕激素相关子宫内膜蛋白和RBP4蛋白都含有一个GXW载脂蛋白标签。 这两个蛋白质是不是一个合理的多序列比对的一部分？ 这两个蛋白质是否共有一个相似的生物学功能？就像所有的载脂蛋白一样，这两个蛋白都是小的、亲水性的含量丰富的分泌分子。 这两个蛋白质是否具有相似的三维结构？虽然载脂蛋白序列多种多样，它们却共享一个显著的非常保守的结构。这个结构(一个杯状的盂)可使它们将疏水性配体运输通过一个水环境区间。 载脂蛋白 如何评价搜索结果的显著性 窝弓撮捂夸三螟痉融情泳掌骸耻恍芽郊婉倪育斥罗况悟太蔫尺妒秋要汰麦3._数据库的搜索3._数据库的搜索 决定两个蛋白质或DNA序列是否同源，可以问下面的问题： 如果BLAS