武大分子遗传图谱构建优秀培训书.pptVIP

分子遗传图谱的构建 实验目的 学习分子遗传图谱构建的原理与方法 基于形态标记的果蝇经典遗传图谱 基于DNA分子标记的水稻分子遗传图谱 一、DNA分子标记及其检测技术 DNA分子标记的概念（定义、特点） 常用DNA分子标记的种类 1、RFLP 2、SSR 3、RAPD 4、AFLP 5、SCAR： sequence characterized amplified region 6、CAPS ： cleaved amplified polymorphic sequence 二、分子遗传图谱的构建 1、遗传图谱构建原理：基因连锁与互换定律 遗传图谱（基因或标记的排序与遗传距离） 物理图谱（基因或标记的排序与物理距离） 2、遗传图谱构建的主要步骤： 1、构建分离群体 暂时性群体(tentative population)：F2、BC 永久性群体(permanent population)：DH、RIL 2、筛选多态性标记 3、分离群体标记基因型数据的收集 4、利用作图软件（MAPMAKER/EXP等）构建遗传图谱 实例：水稻分子遗传图谱的构建 1、“一粒传法”构建“Lemont/Teqing” RIL群体(185 RILs) 2、筛选多态性标记（以SSR标记为例） 群体标记基因型检测(PCR扩增及电泳检测) SSR标记的检测原理：如 ——(ATT)n——  3、分离群体的标记基因型数据的收集：RIL marker data.xls4、制作输入文件： 如ricemap.raw 5、运行作图软件MAPMAKER/EXP，构建遗传图谱 软件使用说明文件：MapMaker-EXP 3_0 Manual.htm (注： MAPMAKER/EXP只能安装在C盘才能运行) MAPMAKER/EXP的常用命令 1、prepare data: preparing data from input file ‘ricemap.raw’ 2、photo ricemap.out：photo is on by the file ‘ricemap.out’ 3、units cm：the units are set to centi-Morgans. 4、centimorgan function Kosambi: (or Haldane) 5、 print names on: print names is on. 6、triple error detection on：triple error detection is on. 7、 make chromosome chrom1 chrom2 chrom3 chrom4 chrom5 chrom6： to define chrom1 chrom2 chrom3 chrom4 chrom5 chrom6 8、 make chromosome chrom7 chrom8 chrom9 chrom10 chrom11 chrom12 9、sequence 4 9： to tell which loci we wish to consider 10、anchor chrom1：to assign marker 4 and 9 to chromosome 1 11、sequence chrom1 12、two point 13 、frame chrom chrom1 14、draw chrom chrom1 15 、making an initialization file named (in this case) “ricemap.pre”