实验二---PCR和分子标记技术及其应用1.pptVIP

靶位区域扩增多态性(TRAP)也是一种新型的基于PCR的分子标记。TRAP标记技术是基于SRAP发展而来的,但与SRAP、RAPD和AFLP等标记技术无须任何序列信息即可直接PCR扩增不同,它是基于已知的cDNA 或EST序列信息。TRAP是使用长度为16-20核苷的固定引物( fixed primer)与任意引物( arbitrary primer), 固定引物以公用数据库中的靶EST序列设计而来;任意引物与SRAP所用的一样,为一段以富含AT或GC为核心、可与内含子或外显子区配对的随机序列。 TRAP( target region amplified polymorphism) 靶位区域扩增多态性 引物的设计易于操作, 固定引物的设计依据已有的EST数据库; 而随机引物只需考虑具有富含GC或AT的核心区, 其余均为随机序列。 TRAP标记技术在大多数情况下, 可在一个PCR反应中扩增出多达50个以上的可统计片段, 片段大小在50-900bp 之间, 产生出与 AFLP技术相媲美的图谱。 单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphisms,SNPs)是指染色体基因组水平上某个特定位置单碱基的置换或插入缺失引起的DNA 序列多态性。其中,单碱基的置换是其最为常见的类型。SNP被认为是继RFLP和SSR之后出现的第三代分子标记。 SNP( single