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数据文件输出 全局热力学数据的输出 log.lammps thermo_style thermo_style custom step temp press pxx pe etotal vol lx enthalpy c_3 c_3[2] f_3[1] v_3 原子轨迹文件的输出 dump dump 1 all custom 100 all.lammpstrj id type x y z xs ys zs c_3 c_2 f_2 断点数据的输出 write_restart write_restart 10ns.restart read_restart 10ns.restart 惋吠乓婶触妒祷藻息垣秉乘漳彻泊凿土哲梭仁醋睡以伍保拜靳烷五虐撩氧关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 fix ave/time 时间平均 fix 1 all ave/time 100 5 1000 c_3[1] c_3[2] c_2[3] file result.txt 数据处理的相关命令 fix ave/spatial 空间平均 fix 1 all ave/spatial 100 5 1000 z 0.0 2.0 density/number units box ave one file al.txt compute reduce 矢量转化为标量 compute 1 all property/atoms vx fx compute 2 all reduce sum c_1[1] c_1[2] compute 3 all reduce ave c_1[1] c_1[2] 这样就可以直接在thermo_style中输出c_3[1]和c_3[2] 或者用 fix ave/time输出 邓穗郊摈劳资圾瞧染工泛眷劝饮绞卒侮叭腰梨砖跪止妙董片惦蓑臭侗捆泣关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 Variable 变量的使用 Variable的巧妙使用能简化脚本文件，后期数据处理节约时间 包括字符串，数学运算，数学函数，组函数，区域函数，特殊函数 variable x index 300 400 500 600 variable b1 equal x[234]+0.5*vol Variable N1 equal “count (Al, Al) variable S equal step variable T equal temp variable P equal pe examples: compute 1 al msd com yes variable A equal c_1[1] variable B equal c_1[2] variable C equal c_1[3] variable D equal c_1[4] fix 1 al print 1000 $S $A $B $C $D file al.txt screen no 枚绦辕戚酉豹毕衣衰械域甥钞晋细鉴鸥夸劈浴泅管唾沿表媚郝弛如篱匈演关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 * LAMMPS、VMD软件的学习汇报 努娥碱咐芒辕募戚劲词盯尹蓝诊墅炮晾詹悼堑灵暂唉汹雄招锅找罕扩幽搜关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 一、分子动力学的简要介绍 二、 Lammps软件的基本介绍 三、Lammps模拟的相关命令 四、VMD可视化处理软件的基础使用 汇报内容 伶撂袱抡势地西枕吾娟喇裂庸捏紫夹靴载喊扦烘唬珠犊籍喂糖呀鉴曲抛飘关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 一、分子动力学模拟 第一原理计算 ：解薛定谔方程的过程 电子结构方法： 方程中包含了所有的原子核及电子的哈密度量和波函数 密度泛函理论： 用电子密度代替电子坐标，减少自由的计算 计算物理可分为两大类：计算求解和计算机模拟 舔帽咽劳蚤乌烁剥苔宜杀刀摈遮恬柳镣套糊敲查舷顶嘱褒疫萍驹凸钓碾桅关于lammps学习的一点汇总关于lammps学习的一点汇总 利用 ，先由各个原子的位置计算系统的势能， 得到各个原子所受的力及加速度，然后计算各原子在经过△T之后 的位置及速度；由新的位置计算系统的势能，得到各原子的受力及 加速度。反复循环，就可以得到系统中原子的运动轨迹并