vmdTK操作命令.docVIP

VMD的console是十分强大的，也提供了很多内置命令，这里把当年研究VMD内置命令的笔记的一小部分发上来。和user guide有相似之处，但是我都尽量写成例子的形式来说明，绝大部分都是亲自试过的。可能当时有些地方写的不准确，也不完整，但是现在也懒得check了。有疑问还是对照user guide中的严格说法。 ? *****一些额外内容***** VMD里面所有行为，都可以用命令描述出来。打开VMD之后运行log sdf.txt，接下来干你的事，你干的所有事的等价的命令行都被记录到sdf.txt当中，运行log off停止记录。 atomselect之后占用内存，选择范围的原子越多占得越大，应当用完之后删除，比如atomselect1 delete，内存就释放了。但是atomselect编号仍然继续往后延，并不会重新占用已经删了的。 修改TKconsole的设置，通过修改D:\study\VMD186\plugins\noarch\tcl\vmdtkcon1.0\tkcon-modified.tcl。比如里面的font create tkconfixed -family Courier -size 12，把12改成20，字号就变成20了。 在.vmdrc或者vmd.rc里面有很多被注释掉的内容，也有没有被注释的，都是控制启动后vmd的默认设置，比如开哪些窗口，窗口位置，光源什么的 *****以下为正文***** animate dup 0 复制当前帧到最后新的一帧animate dup frame 2 0 复制22帧到新的帧animate pause 暂停播放，按回车或者随便瞎输个命令就可继续animate forward/for向下播放animate reverse/rev向前播放animate prev/next 向前/向后一帧animate skip 设置播放时的stepanimate delete all 删除所有帧animate speed 0.3 设置速度为0.3，数值=0，=1animate style once/loop/rock 设置播放模式animate styles 显示可用的播放模式，其实就是显示once、loop、rockanimate goto start/end/n??回到开始帧、末尾帧、第n帧 atomselect keywords显示所有可以选择的关键字macro指的就是那些charged、acidic之类的整体。atomselect macro 显示所有macroatomselect macro charged 显示charged的定义atomselect delmacro ions????删除ions的macroatomselect macro sdfsdf {resname ALA and hydrogen}??定义一个新的macro，如果已经有定义了，则覆盖设好的macro在graphics representations-selection-singlewords里面也会出现 atomselect 3 resid 25 frame last 选择3号分子最后一帧的resid 25。分子可以是数字或者top，所选内容就是普通的selection，用双引号或者{}括住，帧号可以是数字、first、last、now。 选择之后，会出现比如atomselect0，然后可以运行：atomselect0 num???显示所选的内容有多少原子atomselect0 list??显示所选的内容的原子的编号atomselect0 text??显示所选内容表示的意义atomselect0 molid??显示所选内容的分子编号atomselect0 frame??显示所选内容的所在帧。atomselect0 frame x设置选择的帧为xatomselect0 delete???删除atomselect0函数。atomselect0 global???将atomselect0移入全局命名空间atomselect0 get mass 得到atomselect0所选范围的质量，还可以是{x y z}得坐标，{x}仅x坐标。get后面可以接任何属性，见manual p77atomselect0 get structure 可以得到结构中每个残基所处的二级结构实际上不管是在图形界面选择newcartoon还是文本控制台输入get structure，都要调用stride来计算atomselect0 getbonds 得到成键列表atomselect0 setbonds bondlists 按照成键列表成键，比如{{2 5} {4 6}}atomse