PHYLIP使用.doc

PHYLIP使用 下面介绍几个软件的使用。首先是PHYLIP。其是多个软件的压缩包，下载后双击则自动解压。当你解压后就挥发现PHYLIP的功能极其强大，主要包括五个方面的功能软件：i，DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii，序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。 iii，对基因频率和连续的元素分析的软件。iv，把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。v，按照DOLLO简约性算法对序列进行分析的软件。vi，绘制和修改进化树的软件。在此，我主要对前两种功能软件进行说明。? ?我们现在有几个序列如下：Mo3ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGCACGGTACCATMo5ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATMo6ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATMo7ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACAGTACCATMo8ATGTATTTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACAGTACCATMo9ATGTATCTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATMo12ATGTATTTCGTACATTACTG CCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCATMo13ATGTATCTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACGGTACCAT要对这8个序列进行进化树分析，按照上面的步骤，首先用CLUSTALX排列序列，输出格式为 *.PHY。用记事本打开如下图：图中的8和50分别表示8个序列和每个序列有50个碱基。然后，打开软件SEQBOOT，如下图：按路径输入刚才生成的 *.PHY文件，并在Random number seed (must be odd) ?的下面输入一个4N+1的数字后，屏幕显示如下：图中的D、J、R、I、O、1、2代表可选择的选项，键入这些字母，程序的条件就会发生改变。D选项无须改变。J选项有三种条件可以选择，分别是Bootstrap、Jackknife和Permute。文章上面提到用Bootstraping法对进化树进行评估，所谓Bootstraping法就是从整个序列的碱基（氨基酸）中任意选取一半，剩下的一半序列随机补齐组成一个新的序列。这样，一个序列就可以变成了许多序列。一个多序列组也就可以变成许多个多序列组。根据某种算法（最大简约性法、最大可能性法、除权配对法或邻位相连法）每个多序列组都可以生成一个进化树。将生成的许多进化树进行比较，按照多数规则（majority-rule）我们就会得到一个最“逼真”的进化树。Jackknife则是另外一种随机选取序列的方法。它与Bootstrap法的区别是不将剩下的一半序列补齐，只生成一个缩短了一半的新序列。Permute是另外一种取样方法，其目的与Bootstrap和Jackknife法不同，这里不再介绍。R选项让使用者输入republicate的数目。所谓republicate就是用Bootstrap法生成的一个多序列组。根据多序列中所含的序列的数目的不同可以选取不同的republicate。当我们设置好条件后，键入Y按回车。得到一个文件outfile Outfile用记事本打开如下：这个文件包括了100个republicate。打开DNAPARS（最大简约性法）或DNAML（最大可能性法）软件。将刚才生成的outfile文件更名后输入。如下图：选项O是让使用者设定一个序列作为outgroup。一般选择一个亲缘关系与所分析序列组很接近的序列作为outgroup（本例子不选outgroup），outgroup选择的好坏将直接影响到最后的进化树的好坏。选项M是输入刚才设置的republicate的数目。设置好条件后，键入Y按回车。生成两个文件outfile和treefile。Outfile打开如下图：该文件包括了227个进化树。Treefile可以用TREEVIEW软件打开同样包含了这227个进化树。打开CONSENSE软件，将刚才生成的treefile文件更名后输入。如下图：键入Y按回车。生成两个文件outfile和treefile。Treefile用TREEVIEW打开，如下图：Outfile打开如下图：我们看出两个树是同样的。但在outfile的树上的数字表示该枝条的B