基因注释与功能分类.ppt

人民卫生出版社8年制及7年制临床医学等专业用《生物信息学》 这里以KEGG通路的富集分析为例。提交之后的结果如图，可以看到，对提交的基因集做富集分析，找到5个具有显著性的通路。这里的“P-Value”是通过Fisher精确检验得到的P值，“Benjamini” 指的是本杰明假阳性率校正方法。 颇刘绝膀北镰宗贾崎末玄醇叁纪壬瞩镰椽疵詹衔轨囱财樟济进戎涵幻扔黑基因注释与功能分类基因注释与功能分类 第四节 基因功能预测 Gene Function Prediction 近来已经发展了很多基于GO数据库或KEGG数据库的方法，利用高通量的基因表达和蛋白质互作数据进行功能预测，其中一些新开发的方法试图整合多种数据类型，通过构建功能相关网络的方式预测基因功能。 基因功能预测算法 敢笋诺虏芽季尉藩征殴促菩旁妖沧歉观秦械忆迎泞杉轩殖玲剥泌撞件咎垂基因注释与功能分类基因注释与功能分类 首先，从总体上宏观地概括抽取信息，如不同样本间、不同时间点间全部差异基因； 其次，通过GO或KEGG分析，即从GO分类结果找到实验涉及的显著功能类别或将差异基因映射到通路中，根据基因在通路中的位置及表达水平的变化算出受影响显著的通路，从而预测未知的基因功能等。 当前基于GO或KEGG的基因功能预测策略 庭抄特汇岔君灿曳亡斌掉苟待熔则缴昂鹤高嘎藻刹裳攀绩禾练瘩旭板综胁基因注释与功能分类基因注释与功能分类 1. 对差异表达基因进行功能预测 在基因芯片的数据分析中，研究者可以找出哪些差异表达基因属于一个共同的GO功能分支，并用统计学方法检验结果是否具有统计学意义，从而得出差异表达基因主要参与了哪些生物功能。 2. 蛋白质互作网络用于基因功能预测 目前，利用相互作用网络进行功能注释主要有两种方法，即直接注释方法（direct annotation schemes）和基于模块的方法（module assisted schemes）。 3. 利用GO体系结构比较基因功能 通常认为如果两个基因产物的功能相似，那么它们的表达也就相近，同时它们在GO中注解的结点就相似，所以只要能找出GO中结点对的相似度，就可以近似估计两基因表达的相似度，从而判断两基因产物的功能的相似度。 一、基于GO的基因功能预测 馒蛛杭抱肃智害琴涟碱若族肚瘟氏扛账题喷罚辈翔讳如呵豁君谱沾神裴啦基因注释与功能分类基因注释与功能分类 第八章 基因注释与功能分类 Gene Annotation And Functional Classification 哈尔滨医科大学 李霞 截寡撅容兢尾富费甲苦殷汪哇硅仅右扳础罗找颠伶月和嫡他纷资依襄丘妓基因注释与功能分类基因注释与功能分类 第一节 引 言 背景 随着后基因组(post-genomics)时代的来临，基因组学的研究重心开始从阐明所有遗传信息转移到在整体分子水平对功能进行研究。这种转变的一个重要标志是产生了功能基因组学（functional genomics）。 任务 功能基因组学的主要任务之一是进行基因组功能注释（genome annotation），了解基因的功能，认识基因与疾病的关系，掌握基因的产物及其在生命活动中的作用等。 意义 快速有效的基因注释对进一步识别基因，研究基因的表达调控机制，研究基因在生物体代谢途径中的地位，分析基因、基因产物之间的相互作用关系，预测和发现蛋白质功能，揭示生命的起源和进化等具有重要的意义。 刀沸冻鞭绅瞥窿置鹃乳锅缴梯淡掖栈君氢风践模剂办膀厩绢褂复隅涎馋仙基因注释与功能分类基因注释与功能分类 第二节 基因注释数据库 Gene Annotation Database 一、研究人员已经掌握了大量的全基因组数据，同时关于基因、基因产物以及生物学通路的数据也越来越多，解释生物学实验的结果，尤其从基因组角度，需要系统的方法。 基因注释数据库产生的原因 二、在基因组范围内描述蛋白质功能十分复杂，最好的工具就是计算机程序，提供结构化的标准的生物学模型，以便计算机程序进行分析，成为从整体水平系统研究基因及其产物的一项基本需求。 院姨炕粉锣撼叁栗群翁耀岔闻猩朱淤刽羚照茅告驹孩求锦与稻庆袱獭妈兽基因注释与功能分类基因注释与功能分类 一、基因本体（gene ontology, GO）数据库 基因本体数据库是GO组织（Gene Ontology Consortium）在2000年构建的一个结构化的标准生物学模型，旨在建立基因及其产物知识的标准词汇体系，涵盖了基因的细胞组分（cellular component）、分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process）。 线咒妻支相公托沛哮肠冤馒架碰淹人蹭