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大数据时代精准医疗最好的合作伙伴-- 国家超级计算广州中心中山大学超级计算机应用研究院 您是否拥有庞大的科研/临床数据资源，却因只能观其冰山一角而遗憾？ 您是否苦于常规计算机能力无法达到您的计算要求？ 与世界No.1的超级计算机“天河二号”强强联手，问题将迎刃而解。 一、我们的优势 国家超级计算广州中心主机系统“天河二号”于7月13日荣获全球超级计算机TOP500排名冠军五连冠！ 从2014年4月1日至今，广州中心先后为500多个用户提供计算服务。应用领域覆盖生命科学、材料科学、大气科学、地球物理、能源科学、宇宙科学、经济学等领域，特别是在大型基因组组装和基因测序、生物医学、高通量药物筛选、污染治理、大型飞机设计制造、高速列车设计制造等事关国计民生的大科学、大工程中发挥了重要的支撑和推动作用。用户覆盖国内19个省、直辖市以及香港地区，其中十万核以上的作业达20个，百万核以上的作业达9个。 “天河二号”秉持“服务至上、精益求精，驾驭超算、引领创新，开放包容、共筑梦想”的核心价值理念，紧紧围绕“五项使命”，精心打造六大云超算应用服务平台，分别是1）材料科学与工程计算；2）生物计算与个性化医疗；3）装备的全数字设计与制造；4）能源及相关技术数字化设计；5）天文、地球科学与环境工程；6）智慧城市大数据和云计算。 “天河二号”提供的科学研究领域服务包括人类和动植物基因分析与测序，模拟气象与气候、地震和宇宙演化，材料微观行为分析，定量生物医学等。超百万核的应用案例包括基因调控网络、艾滋病毒与化合物的作用机制。 与德国慕尼黑工业大学合作开展的“模拟地震波在异质岩石中的传播”使用了8192异构并行结点（共160万核），以实测并行计算性能8.6Pflops2的成绩获2014年国际超级计算最高奖-高登贝尔奖提名。 2015年2月在“天河二号”上完成了史无前例的含有三万亿粒子的暗物质和中微子宇宙动态演化的数值模拟，揭示了宇宙从大爆炸之后1600万年开始至今天的约137亿年的漫长演化过程。是目前世界上运行离子数最多的N体数值模拟，超出原先世界纪录两倍，有望实现对中微子质量进行最精确的预测。 在“生物计算与个性化医疗”服务平台上， 与中科院上海药物所合作的863超算应用课题“新药研发与蛋白质折叠数值模拟软件系统及应用”，研发了大规模药物虚拟筛选软件。 利用“天河二号”15万CPU核心，耗时0.5小时，完成了75万个小分子化合物的结合亲和力评估，以及600多个老药/天然产物/商业化合物的体内外活性测试评价，获得了513个在分子水平有效、80个在细胞水平有效、7个在动物水平有效的老药/天然产物/商业化合物，为恶性肿瘤、乙肝、糖尿病等关系我国民众健康的重大疾病提供药物先导化合物。 “天河二号”与中科院上海药物研究所合作的测试结果表明，该平台可以在一天内完成至少4200万 化合物对埃博拉病毒靶标蛋白的虚拟筛选，即可以一天之内完成基于埃博拉病毒靶标蛋白的虚拟药物筛选，使天河二号为爆发性恶性传染病的快速药物研发提供了强大的计算模拟保障。 华大基因利用“天河二号”上对万亿顶点的动态图划分问题进行测试，开展极大规模基因组组装计算，最大规模达到4096结点（近9.8万核），获得良好的线性加速性能。 香港科大、华大基因和国防科大合作开发了生物信息领域第一款基于MIC的高通量序列比对软件MICA。在天河二号进行的测试完成了千人基因组计划45个CHB和345个CHS的基因数据样本一共932对双端序列的比对，达到的单卡性能是BWA-MEM在6核CPU上性能的5倍，在采用2、3快MIC卡时相对单卡加速比分别为1.97、2.91，获得了良好的加速效果。 美国佐治亚理工大学与广州中心合作开展基于贝叶斯法的高等植物（鼠耳芥）全基因组构造调控网络方面的研究，利用8192 个异构并行结点（共160 万核）获实测并行计算性能4.81Pflops，为实现从基因组尺度深入理解基因调控机制提供了强有力的超算平台。 美国佐治亚理工大学团队还采用量子化学Hartree-Fock自洽场迭代方法，利用“天河二号”研究HIV与硫酸茚地那韦相互作用机制，实现了8100结点（共156万核）的大规模并行计算，弱可扩展接近线性，强可扩展并行效率70% ，对研发HIV药物设计具有重要意义 在“天河二号”上开展国际上最大异构并行规模的近纳米级亚细胞级钙动力数值模拟，纳米精度的亚细胞级钙动力数值模拟是生物医学领域的重要研究课题，可揭示人类心脏钙动与心律失常的关联，对心脏性猝死的诊疗具有重大科学意义，可用于探索很多心脏疾病的生理原因。仅单个心肌纤维的毫秒级模拟就涉及千亿亿计算浮点计算。因而计算需求庞大。该应用在天河二号上最大扩展至4096结点，采用多达12288 个MIC协处理器，近80万核，获得1.27 Pfl