五计算任务投放.ppt

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2017-02-16 发布于天津
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五计算任务投放

示例 #include mpi.h” int main(int argc, char* argv[]) { int rank; int size; char cmd[256]; MPI_Init(0,0); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, rank); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, size); std::coutHello world from process rank of sizestd::endl; sprintf(cmd, mkdir ccc%d ,rank); system(cmd); sprintf(cmd, cd ccc%d ,rank); MPI_Finalize(); return 0; } 示例 1135 mpic++ -o test.mpi mpi.c 1136 mpirun -np 4 test.mpi #!/bin/sh #PBS -S /bin/sh #PBS -N do-1448 #PBS -q gpu #PBS -l nodes=1:ppn=2 #PBS -j oe source ~/.bashrc export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/8.1/lib/em64t/lib cd /ldata2/xbdeng/chenfj mpirun -np 2 test.mpi 五：计算任务投放作业脚本的编写基本参数 #!/bin/bash #PBS -d /ldata/dyliu/workdir #PBS -o /ldata/dyliu/output #PBS -e /ldata/dyliu/error #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=240:00:00 #PBS -l mem=4gb #PBS -q workq cd $PWD 作业脚本可到计算中心网页下载五：计算任务投放配置MPI环境(VASP) ulimit -s unlimited source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/iccvars_intel64.sh source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh source /opt/intel/mkl/25/tools/environment/mklvarsem64t.sh source /opt/intel/impi/3.1/bin64/mpivars.sh EXEC=/opt/issp2/vasp_4.6.28 五：计算任务投放配置MPI环境(VASP) NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l` cat $PBS_NODEFILE /tmp/nodes.$$ sed -i s/$/-ib:8/ /tmp/nodes.$$ mpdboot -n $NN -f /tmp/nodes.$$ -r ssh mpiexec -genv I_MPI_DEVICE rdma -machinefile /tmp/nodes.$$ -n $NP $EXEC mpdallexit rm -f /tmp/nodes.$$ 五：计算任务投放配置环境wien2k alias lsi=ls -aslp *.in* alias lso=ls -aslp *.ou* alias lsd=ls -aslp *.def alias lsc=ls -aslp *.cl* alias lss=ls -aslp *.sc* alias lse=ls -aslp *.error alias pslapw=ps -ef |grep lapw alias cdw=cd $curdir export EDITOR=xterm -e vi export SCRATCH=$curdir 四：计算任务投放配置环境wien2k export WIENROOT=/opt/issp2/wien2k export W2WEB_CASE_BASEDIR=$curdir export STRUCTEDIT