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同济医学院药学院 《蛋白质结构模拟与药物设计》作业（2014年度） 学号 姓名 分数 题目 名词解释 判断题 填空题 选择题 简答题 合计 分数 7 5 38 10 40 100 得分 名词解释（12分，每题1.5分） passive transport：被动运输。物质在细胞内外形成浓度梯度，且高浓度往低浓度的一侧扩散，不消耗能量。 Domain：结构域。生物大分子中具有特定结构和功能的区域，是在二级结构或超二级结构的基础上形成三级结构的局部折叠区。 QSAR：定量构效关系。以物质活性为纵坐标，其理化性质参数或其他结构参数为横坐标建立的一系列方程。可用来研究小分子与生物大分子相互作用和体内ADME性质。 Receptor：受体。是一类存在于细胞内或细胞外，能够与外来信号分子作用，介导细胞内生化反应的大分子。 Homology Modeling ：同源建模。使用和目标序列相似度较高的同源序列，以此为模板来构建目标序列三维构象的方法。 Microtubule：微管。存在于真核细胞中，由微管蛋白组装成的长管状细胞器结构，参与细胞形态维持、运动与分裂。 Telomere：端粒酶。核蛋白逆转录酶，可将端粒DNA加到真核染色末端，对染色体的稳定性和细胞活性有重要作用，能延长缩短的端粒从而增强细胞增长能力。在正常人体组织内被抑制，在肿瘤组织内被激活。 判断题（5分，每题1分） 按照诱导契合学说，在药物和受体相互作用过程中，受体和药物的构象都存在着一定程度的变化。正确 能为受体识别并与受体结构互补，并产生特殊的药理效应时药物分子的构象，称为药效构象（pharmacophoric conformation），药效构象一般都是最低能量构象。错误，一般都不是最低能量 按照IUPUAC和NC-IUPHAR的建议，将受体分为通道性受体、、催化性受体、G-蛋白偶联受体和配基依赖的转录因子受体，其中后者属于胞内受体。正确 分子对接包括刚性对接、柔性对接和半柔性对接，而小分子化合物和生物靶点间的对接主要是采用柔性对接的方式。错误，一般是半柔性 肽类作为药物，具有无免疫源性、选择性强等优点，但也具有代谢不稳定性、口服利用度低以及难以透过血脑屏障等不足之处。错误，有免疫原性 二、填空题（38分） 1、（5分）维持蛋白结构的作用力包括： 氢键 、 静电作用 、 疏水作用 、 和 范德华力 等。 2、（3 分）计算机辅助药物设计的方法主要包括 直接药物设计和 间接药物设计 等两种，其中前者必须知道 靶点的三维结构 。 3、（3分）蛋白质基本的二级结构包括 alpha螺旋、 beta折叠 和 无规卷曲 等。 4、（4分）导致蛋白质折叠的主要因素 二级结构的形成 、 疏水作用和如氢键等特殊力等，起主导作用的是二级结构的形成。 5、（2分）生物分子数据库包括 一级数据库 、二级数据库、专家库 和 整合数据库等类型。 6、（2分）目前国际上主要的蛋白质数据库包括PIR、SWISS-PROT和PDB等 7、（2分）酶的活性中心可以分为 结合部位 和 催化部位两部分。 8、（3分）计算机辅助药物设计的方法主要包括 直接药物设计 和间接药物设计 等两种，其中前者必须知道靶点的三维结构 9、（2分）碱基互补指的是 A 和T ，C 和 G的结合。 10、（3分）核酸研究的基础是一个 模型 ，即 双螺旋模型 、一个法则 ，即 中心法则和四个 概念 ，即DNA复制、RNA转录、蛋白质翻译和DNA中3个相邻的核苷酸决定氨基酸编码。 11、（2分）流动镶嵌学说认为生物膜是 流动的、不对称的 。 12、（3分）作用于核酸的小分子化合物包括沟区结合， 静电作用以及 嵌插结合等三种类型。 13、（2.0分）小分子化合物作用于DNA的小沟，而蛋白质与DNA的大沟发生相互作用。 14、（2.0分）蛋白质-蛋白质相互作用的结构类型包括结构域-结构域相互作用和　　　　　结构域-肽相互作用等两种。 选择题（10分，每题1分） 单选题 1、被转运物质沿浓度梯度（即由高浓度的一侧向低浓度的一侧）的方向进行的跨膜转运过程称为：A A. 被动转运； B. 主动转运； C. 易化扩散； D.胞饮现象 定义能被受体所识别的、与受体受点所识别结合起关键作用的药物分子的分子片断及三维空间位置的排布为：D A. 药效基团； B. 药动基团； C. 毒性基团； D.药效构象 3、用于结构搜索程序为 C A. BLAST； B. FastA； C. V