第一章生物信息学的概念及其发展历史.pptVIP

3、代谢通路注释 KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes） 二、RNA基因的注释 三、重复序列的注释 （一）串联重复序列的注释 Tandem Rpeats Finder （二）转座元件的注释 1、构建黄瓜特意的de novo TE库 TE预测软件：ReAS、RepeatScout、PILER和LTR_FINDER 2、黄瓜的de novo TE库的分类 3、基因组水平上的转座元件的注释 四、假基因的注释 第五章：真核生物基因组的注释 普通高等教育 “十二五”规划教材 生物信息学 Bioinformatics 第一节 蛋白质编码基因的注释 注释策略： (一)、基于证据的注释，即根据已有的实验证据（如cDNA）、表达序列标签（EST）和蛋白质序列进行蛋白质编码基因的注释。 (二)、从头开始（ab initio）的基因预测，即只根据基因组的DNA序列对蛋白质编码基因进行预测。 (三)、重新（de novo）基因预测，即通过与其他物种的基因组进行比较，从而预测一个新基因组中的蛋白质编码基因。 一、基于证据的基因注释 （一）顺式比对 顺式比对是使用被注释基因组的cDNA或者蛋白质序列与基因组序列进行比对后得到的最好的比对位点，而这个位点常常被认为就是转录或者翻译形成cDNA或者蛋白质的基因。 常用的顺式比对程序如AAT、SI