CCDCICSD使用简介.pptVIP

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杨琛 CCDC 简介 CCDC (Cambridge Crystallographic Data Centre) 位于英国剑桥大学的剑桥晶体数据中心,自1965年起就从事晶体数据的收集、整理与计算机化工作。 CCDC通过Internet提供各种有关的信息。其中包括对CCDC及产品的介绍,新闻的发布,在线帮助(主要产品的介绍和使用手册等),其网址是http://www.ccdc.cam.ac.uk CSDS (Cambridge Structural Database System) CSDS建立在CCDC,是基于X光和中子衍射试验唯一的小分子及有机金属分子晶体的结构数据库。 收集了自1935年以来的二十九万种有机金属化合物的结构信息,包括了普通有机化合物,有机金属化合物和金属配位化合物等三大类别。其中三维空间原子坐标信息的约有260000种。 有80%以上的是1980年以后发表的最新测定的结果。 CSDS每年有两次数据更新,用户可以从CCDC 的网页上下载新的数据: http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd_system/conquest/csd_updates/ CSDS包括 1. CSD: 是CSDS的核心,目前CSD收集了约47.5万分子结构,并以每年9%的速度进行增长。随着实验方法的进步,新装入数据的质量越来越高,超过91%的数据拥有小于0.05的R值。 2. ConQuest: 用于从CSDS搜索和提取结构信息的基础软件。该软件提供在CSDS中全方位的文字与数字查询,同时还具有更高级的搜索功能:化学亚结构的搜索、几何结构的搜索、分子间和分子内相互关系的搜索。 3. PreQuest: 可方便用户构建自己专用的晶体结构数据库,然后可对该数据库用ConQuest 独立或与CSD相结合进行搜索。 4. VISTA: 是一个互动的分析与统计软件,可阅读用户自定义的几何数据和其它通过ConQuest从CSD中提取的数字信息。 5. Mercury: 提供了一整套丰富的软件工具用于显示及比较晶体与分子结构,从而探索分子网络与晶胞堆积。 6. Mogul: 可迅速地从CSD中几百万个各类化学键长,键角和非环扭转角数据中提取信息以便快捷地显示分子的几何结构。 7. IsoStar: 对收集在CSD和PDB实验数据库中的非键相互作用的几何参数信息进行快速访问。 CSD 包括数据和软件两大部分。目前CSD每年大约增加一万个化合物。 CSD包括功能完整的应用软件,它不仅具有数十种查询化合物的方法,还提供了分子结构信息统计方法和三维图像演示方法,以帮助研究人员寻找、观察、分析和总结有关的化合物信息。 CCDC 使用 用户可根据化合物名称、分子式、元素、空间群、单胞、Z值、原始文献、作者、实验条件等项目进行检索 CCDC 使用 晶胞检索(Unit Cell) 是否 Reduced Cell Search R值 Lattice Type CCDC 使用 例子1:检索是否有晶胞参数为a = 17.4774, b = 9.7754, c = 7.4791, ? =90, ? =108.76, ? =90的晶体。 CCDC 使用 化学式检索(formula) 高氯酸乙酰胆碱,C7 H16 N1 O2, Cl1 O4, 选all molecules in structure added together, C7H16 N1 O6 Cl1 含有不止一个分子,分两次检索,然后合并 例如,C6 H5 N2 O3, H2 O1 CCDC 使用 元素检索(element) same molecule,same crystal structure,通常选same molecule 高氯酸乙酰胆碱,(C7H16NO2 , ClO4) Heaviest permitted element in Formula Unit 元素族符号 CCDC 使用 结构检索(draw) 键、原子、环 模板 Edit 非键作用力(分子间、分子内) CCDC 使用 作者/期刊检索(Author/Journal) 作者姓名,Exact surname 期刊名最好从下拉框中选,期刊改名 期刊的卷、页码有时带字母 年份可以选择范围 CCDC号 CCDC 使用 化合物名称检索(Compound Name) 空间群检索(Space Group) 实验条件检索(Experimental Details) 3D结构检索 CCDC 使用 筛选检索条件(Fliters) 合并检索(Combine Queries) 保存检索结果(cqs、pdf、cif 等) ICSD简介 ICSD (Inorganic Crystal

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