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第5章 物质结构 反应停（thalidomide） 确定分子结构的方法 实验方法 X射线衍射方法：测晶体结构 NMR方法：分子在溶液中的结构 计算机模拟方法 依据分子中原子间相互作用的势函数，用计算机模拟的方法来确定分子结构。 用晶体衍射实验测定分子结构的 基本原理 利用晶体衍射所得到的实验数据，计算晶体中各处的电子云密度。 在电子云密度分布图中出现峰值的位置，显然就是原子(核)的位置。 根据电子云密度图初步判断原子的种类。 氨基联噻唑晶胞中的电子云密度 怎样得到电子云密度图? X射线衍射方法直接得到的信息是衍射图 衍射强度I与衍射光波的振幅F的平方成正比，即I=KF2，F称为结构因子 根据上式计算出晶胞中各处的电子云密度?(xyz) 两束光的光程差为： 当 时,能相互干涉而得到加强。 式中，l—X射线的波长； n—整数。 晶体结构的周期性和对称性 晶体结构测定就是测定晶体中各原子的坐标值。 如果知道晶体的周期，那么显然只需要测定处于一个周期内的各原子的坐标就可以了。 由于晶体中还存在对称性，同一周期内的原子，相互之间还可以具有对称关系。如果能够确定晶体的对称性，那么只需测定一个不对称单元内各原子的坐标，就等于测定了该晶体中所有原子的坐标，即测定了该晶体的结构。 测定晶体结构，就是 测定晶体的周期（晶胞参数） 判断晶体中存在的对称性 计算出不对称单位中各原子的位置（分数坐标）。 X衍射确定了晶体中原子的坐标和种类，化学键呢? 蛋白质分子的晶体学研究 生物大分子与化学小分子晶体结测定的原理基本相同，但困难很多 : 生物大分子的晶体培养需要高超的艺术； 需要高强度的X射线源； 衍射相角解的复杂性等。 截至2004-11-30，PDB已公布了28508种生物大分子结构数据。 截至2004-11-30 今日作业 122页9，10，11题 注意：将5，6，7，8题中的Eo改为φo。 * X射线是穿透能力很强的电磁波。进入晶体的X射线与晶体中运动着的电子云相互作用，产生强度较弱、波长相同的二次X射线。晶体中每一处有电子云的地方，都能产生这种朝四面八方散射的二次X射线。在散射的某些方向上，这些二次X射线互相干涉而得到加强，这就是晶体的X射线衍射现象 左图是氨基联噻唑（有机化合物）的晶体结构 晶体是由分子（原子）周期地、对称地聚集而成的固体。 晶体中最小周期的空间单位称晶胞，晶胞中包含若干个分子，这些分子之间（或分子内部）还具有对称关系。 28508 13 1376 1203 25916 Total 4231 2 622 105 3502 NMR 24277 11 754 1098 22414 X-ray Diffraction And other total Carbohydrates Nucleic Acids Protein/ Nucleic Acid Complexes Proteins, Peptides, and Viruses Molecule Type Exp. Tech. 网址/pdb/ 日本 SPring8 *