暂停的RNA聚合酶Ⅱ作为发育的检查点.docVIP

暂停的RNA聚合酶Ⅱ作为发育的检查点 教科书对于基因激活的观点是限速步骤主要是RNA聚合酶Ⅱ和基因启动子之间的相互作用。然而，对于各种各样的系统的研究，包括人类胚胎干细胞和果蝇早期胚胎，已经开始挑战这一观点。不断增加的证据证明基因表达的差异经常依赖于通过Pol II从近端启动子释放的转录延伸规则。我们讨论这种关于复杂的基因网络有序的伸展管理动物发育的基因激活机制。 介绍 基因表达的第一步是在DNA启动子处形成蛋白复合体。初始复合体包括RNA聚合酶Ⅱ和关联的识别在核心启动子我在下面讨论被视为有序分化的特定的细胞类型蛋白质编码基因正相转录延伸因子bPol II基因识别位点 如前所述，Pol II ChIP实验没有区别启动子关联的Pol II的不同形式。额外的方法被需要去确定中止的Pol II。例如，“转录泡”一个单链DNA15-20bp的区域，在转录中“觉醒”推进Pol II复合体后不久出现。转录泡被中止的Pol II稳定，并被视为基于超敏反应暴露的A和T残留物为氧化剂例如高锰酸钾。Pol II ChIP的组合结合分析和高锰酸盐保护分析测定可以为保证Pol II提供强有力的证据。然而，在全基因组规模完成高锰酸盐保护是不可能的，因此，这种方法只可以被用来支持在选择位点上发生的中止。 最近两个新产生的方法已经被用来识别中止的Pol II，30-50核苷酸的转录物的直接测序与中止的Pol II和基因组核溶合实验相关。这些方法都被用来鉴定在人工培养的细胞中中止的Pol II包括果蝇S2和GL3细胞、哺乳动物胚胎干细胞和人成纤维细胞 ，并取得巨大成功。 这个方法模型依赖于对短核RNA的深度测序。成功的应用对于这个方法的关键技巧是丰富的RNA包含5’CAP修饰。一旦孤立，这些转录物就会受支配于广泛的测序。这种方法的优点是可以识别中止的Pol II的确切位置。如前所述，果蝇中，Pol II经常紧接着转录物的前30个核苷酸的转录单元停止。然而，对核小RNA的深度测序没有证明中止的Pol II的发生，发现核小RNA可以从中止处或RNA加工活动处出现。 更多对于中止的Pol II的全基因组鉴定的可靠地方法是Gro-Seq。这种方法依赖于Pol II仅被初期RNA产物占据的短标记（例如，生物素标记的尿嘧啶），现在已经出现在模板链上。孤立的RNA随后测序并映射到全基因组集合。显然在果蝇和哺乳动物胚胎干细胞中的Pol II ChIP-Seq实验表明约
30%的全蛋白质编码基因包含中止的Pol II在人胚肺成纤维细胞中。 Gro-Seq方法提供对于中止的Pol II高分辨率的映射，显示新生转录产物受支配于短脉冲的标签（约为50-100核甘酸）。该方法增强的分辨率和传统ChIP chip和ChIP-Seq方法对比，得到一个意想不到的发现。许多，或许大多数，暂停的哺乳动物的启动子与上游密切相关，不同的转录单位产生短产物显然是不稳定的RNA。这些不同的转录单位的功能仍然未知，但是最近表明其可作为对接位点Polycomb的阻遏物。迄今hsp70中。中止的严格的定义是在+1转录启动区域下游30-50bp处活跃的Pol II暂停，包含一个新生的转录产物具有5’帽修饰。此外，至少有一个10倍水平增加的Pol II在邻近启动子区域与主体的基因相比。如前所述，也许多达三分之一所有的基因在一个典型的基因组完成暂停的标准及显示出在生物体的生活周期的某一时刻中Pol II的管理渠道。 对于果蝇胚胎，我考虑中止一个子集基因包括组织启动子近侧区基因不活跃处的活跃的Pol II。例如，snail基因在假定的果蝇早期胚胎中胚层是选择性激活的。它不在背外胚层中显著表达，甚至常见的Pol II ChIP-chip and Gro-Seq实验表明在这个组织中Pol II占有和中止snail启动子。在这些实验中，可能获得同质，突变体胚胎只生产一个组织，背外胚层。当这些突变体用于ChIP-chip, ChIP-Seq, and Gro-Seq 实验,可以识别出所有的基因包含众所周知的在这个组织保持沉默的暂停Pol II 。合理的猜测是在早期的果蝇胚胎每个主要假定组织几百个基因有选择地表达，换句话说，包括内脏，中胚层，神经外胚层和背外胚层。因此，约
1000基因受到严格的，特定组织重新转录。适当的，至少一半的这些基因包含中止的不活跃的Pol II。也就是说,Pol II延伸出现结合新生转录物。DSIF随后招募NELF，两个配合物作为一种制动阻止Pol II在终止位点前进。 Pol II暂停的管理 可能各种各样的特殊序列监管因素也有助于确立暂停的Pol II。或许转录因子例如Zelda,其与母亲/合子的过渡早期果蝇胚胎，对于暂停很重要，但是不足以触发Pol II释放和激活基因Zelda绑定到一个特定的序