分子生物学基础知识要点.docVIP

Northern blot：是DNA/RNA的杂交，它是一项用于检测特异性RNA的技术，RNA混合物首先按照它们的大小和相对分子量通过变性琼脂糖凝胶电泳加以分离，凝胶分离后的RNA通过southern印迹转移到尼龙膜或硝酸纤维素膜上，再与标记的探针进行杂交反应，通过杂交结果分析可以对转录表达进行定量或定性。它是研究基因表达的有效手段。与Southern blot相比，它的条件更严格些，特别是RNA容易降解，前期制备和转膜要防止Rnase的污染。 实验步骤：1.用具的准备2．用RNAZaP去除用具表面的RNase酶污染3．制胶4. RNA样品的制备5.电泳6.转膜7.探针的制备8.探针的纯化及比活性测定9．预杂交10．探针变性11．杂交12．洗膜13．曝光14．去除膜上的探针15．杂交结果 共纯化、共沉淀，在不同基质上进行色谱层析免疫共沉淀 免疫共沉淀是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。改法的优点是蛋白处于天然状态，蛋白的相互作用可以在天然状态下进行，可以避免认为影响；可以分离得到天然状态下相互作用的蛋白复合体。缺点：免疫共沉淀同样不能保证沉淀的蛋白复合物时候为直接相互作用的两种蛋白。另外灵敏度不如亲和色谱高Far-Western??又叫做亲和印记。将PAGE胶上分离好的凡百样品转移到硝酸纤维膜上，然后检测哪种蛋白能与标记了同位素的诱饵蛋白发生作用，最后显影。? ???缺点是转膜前需要将蛋白复性。RACE是基于PCR技术基础上由已知的一段cDNA片段，通过往两端延伸扩增从而获得完整的3端和5端的方法50－70％GCTm值≥65度，Tm值≥70度可以获得好的结果cDNA的合成起始于polyA+RNA。如果使用其它的基因组DNA或总RNA，背景会很高RACE PCR的效率还取决于总的mRNA中目的mRNA的量和不同的引物有不同的退火和延伸温度。在进行5‘和3’RACE PCR的时候应该使用热启动重叠引物的设计会对全长的产生有帮助引物GSP中的GC含量要在50－70％之间。这样可以使用降落PCR。避免使用自身互补性的引物序列，否则会产生回折和形成分子内氢键。另外，避免使用与AP1互补的引物，尤其是在3‘末端降落PCR可以明显的增加RACE PCR产物的特异性。在最开始的循环中，退火温度高于AP1引物的Tm值，可以增加对特异性条带的扩增。随后的退火和延伸的温度降回到AP1的温度，可以进行随后的PCR循环。??cDNA第二链的合成 图位克隆(Map - based cloning) 又称定位克隆(positional cloning 用该方法分离基因是根据目的基因在染色体上的位置进行的,无需预先知道基因的DNA 顺序,也无需预先知道其表达产物的有关信息当pol 全酶在DNA遇到一个裂口时核心复合体和滑动的“夹子”离开，然后在别的地方再和新的β亚基结合，表示在冈崎片段末端发生这种反应。当核心酶合成完一段冈崎片段时，核心复合体就会和模板解离，将环释放出来，另一个（也可能是同一个）核心复合体再和一个β夹子结合，起始下一个冈崎片段的合成。有可能一个新的β“夹子”已存在于起始位点。而失去了核心复合体的β“夹子”将从模板上解离下来，然后再被重新使用。真核：转录和翻译分地点进行，转录在核，翻译在基质，翻译是第一个氨基酸是甲硫氨酸，调控方式复杂，多层次，区间性 原核：转录和翻译都在基质甚至没转录完就开始翻译，翻译是第一个氨基酸为甲酰甲硫氨酸，调控机制多为操纵子1 mRNA 　　真核生物的mRNA前体在细胞核内合成，合成后需经加工，才成熟为mRNA，从细胞核输入胞浆，投入蛋白质合成；而原核生物的mRNA常在合成尚未结束时，已开始翻译。真核生物mRNA含有7甲基三磷酸鸟苷形式的“帽”，有由多聚腺苷酸形成的“尾”，为单顺反子，只含一条多肽链的遗传信息，合成蛋白质时只有一个合成的启动点，一个合成的终点；而原核生物的mRNA为多顺反子，含有蛋白质合成多个启动点和终止点，且不带有类似“帽”与“尾”的结构。在5′端方向启动信号的上游存在富含嘌呤的SD区段。真核生物的mRNA则无此区段。真核生物的mRNA代谢较慢，哺乳类动物mRNA的半衰期为4～6h，而细菌的mRNA半衰期仅在1～3min。此外真核生物的mRNA前体常含有插入顺序，即内含子，需要在加工时切除。 2 核蛋白体 　　真核生物的核蛋白体（80S）大于原核生物。小亚基为 40S含有一种 rRNA(18S rRNA)；大亚基为60S，含有 3种rRNA（28S rRNA、5．5S rRNA和 5S rRNA），所含的核蛋白体蛋白质亦多于原核生物。原核生物小亚基16SrRNA的3′末端有一富含嘧啶的区段，可与其mRNA启动部位富含嘌呤的SD区互补结合。在真核生物相应的rRNA（1