系统生物学绪论课稿.ppt

The Milestone * 中心法则 * 分子生物学 与 系统生物学 还原主义 将生物学还原到分子水平 整体主义 从系统层次上理解生物系统 研究对象是 生物系统的组成部分 （个别基因、个别蛋白质） 研究对象是 组成部分的相互作用或部分之间关系——本质上就是信息 * 人类认识世界的两种方法论 Reductionism Holism RENE DESCARTES (1595-1650) I am thinking therefore I exist. Jan Smuts (1870-1950) “Holism and Evolution” * 还原论及其局限性 奠基人：笛卡尔 分析-重构方法 主导地位：分析、分解、还原 400年来，创造了一套可操作的科学方法 面临的巨大问题：复杂系统，用认识的叠加方法，不宜发现整体的“涌现性” 从宇宙、生物圈、动物界、植物界，到个体，器官、组织、细胞、细胞器、DNA、基因片段…还原论的洋葱皮已经剥到“芯”了 DNA双螺旋结构的发现以及随后的基因突破已经抵达到有机生命与无机物质的拐点，还原论在生命科学领域里所承担的使命大致已经终结 * “系统论是还原论和整体论的辩证统一” ----- 钱学森 对还原论的超越 Nature, Volume 7, November 2006 /background/images/elephant.gif * 分子生物学 与 系统生物学 侧重从实验中获取数据 实验数据的挖掘 （data mining） 实验的深层次成果往往被忽视 获得深层次成果，理论创新 * 传统分子生物学 各种“组学” 系统生物学 少 多 多对多 (Interactions) 组织原理 动态行为 涌现属性 研究范式的转变 * 系统生物学的四个研究层次 Understanding of system structure Understanding behaviors of the system Understanding how to control the system Understanding how to design the system -- by Hiroaki Kitano 2002 * * 系统生物学与合成生物学的关系 系统生物学 为合成生物学 提供理论基础 合成生物学 为系统生物学 提供验证手段 “Synthetic Biology” * 系统生物学与生物信息学 Bioinformatics is the application of statistics and computer science to the field of molecular biology. （from Wiki） As Science: 从信息的角度，认识生命活动中的规律。 As Technology: 信息技术(IT)在生命科学（特别是）分子生物学中的应用。 * 自上而下 (Top-down，以Hood为代表) 自下而上 (Bottom-up，以Kitano为代表) 整合 (Integration) 扰动法 (Perturbation) 主要研究策略 * 整合－系统生物学的核心 系统内不同性质的构成要素（基因、mRNA、蛋白质、生物小分子等）的整合。 从基因到细胞、到组织、到个体的各个层次的整合。 研究思路和方法的整合。 需要生命科学、信息科学、数学、计算机科学等各种学科的共同参与，真正实现这种整合还有很长的路要走。 * 生命科学 信息科学 系统科学 系统生物学三大学科基础 * 实验技术 （Wet Part） 信息技术 （Dry Part） 两大技术支撑 * 实验技术 基本技术 离心与层析 酶切与电泳 PCR技术 杂交和印迹技术 高通量技术 新DNA测序技术 克隆载体与DNA文库 DNA和蛋白质芯片 酵母双杂交 质谱技术 ChIP-chip和ChIP-PET技术 转基因生物、RNA干扰 各种显微示踪技术 等 / * High throughput experiment Science, Vol 291, 1221-1224 , 16 February 2001 * 计算技术