本科生大创答辩稿(陈绍坤组).ppt

癌、炎外周血白细胞免疫损伤特征与鉴别诊断标志 一、项目背景与立项依据 癌、炎鉴别的临床需要 活检对人体的侵害及成本 一、项目背景与立项依据 外周血 血清/血浆 全血/PMBC CD8T细胞 （可侵害性小、可重复取样） （候选基因，诸如循环蛋白质、循环miRNA等，含量低、变异性大） （血细胞组分比例改变信号） （癌、炎存在不同的功能损伤特征。提示可从中寻找标志） 现有的寻找癌症标志策略 一、项目背景与立项依据 利用特征基因的绝对表达水平 分析基因表达秩序关系 （受批次效应及检测技术波动影响，难以跨平台） （严重的高维问题，导致假阳性与过拟合问题） 一、项目背景与立项依据 个体化诊断标志与个体化通路分析 前期研究发现正常样本中基因表达秩序具有广泛的稳定性，而这种稳定性在疾病样本中被广泛扰动 方法：拟发展利用基因表达秩序关系分析个体化通路 对象：癌、炎的CD8T细胞 二、研究目的与研究内容 识别癌、炎外周血CD8T细胞中基因表达协调关系显著异常的通路 发展通路异常的个体化判断方法及鉴别癌、炎的CD8T细胞通路标志 识别外周血CD8T细胞中的癌、炎鉴别的个体化基因对标志 三、研究方法及技术路线 疾病 疾病:对照 GEO访问号 芯片平台 芯片公司 黑色素瘤 6:6 GSE6887 GPL887 Agilent 结节病 5:5 GSE42832 GPL10058 Illumina? 肺结核 5:5 GSE42832 GPL10058 Illumina? 丙型肝炎 10:5 GSE49954 GPL570 ?Affymetrix 哮喘 10:5 GSE31773 GPL570 ?Affymetrix 正常 0:11 GSE14924 GPL570 Affymetrix 正常 0:10 GSE30059 GPL570 Affymetrix 正常 0:4 GSE19443 GPL6947 Illumina 已收集癌、炎及正常外周血CD8T细胞表达谱数据集 正常中跨平台稳定基因对训练过程 跨平台稳定基因对 疾病（癌或炎）样本i 逆转基因对 疾病（癌或炎）相关失调通路 基因列表 候选诊断通路中的稳定、逆转基因对 候选 个体化 诊断基因对 特征筛选、分类器构建 胃癌、胃炎 候选 个体化诊断通路 特征筛选、分类器构建 个体化通路富集分析 疾病（癌或炎）个体化扰动通路 功能富集 疾病（癌或炎）vs.正常 正常 稳定基因对 疾病 显著逆转基因对 注释 逆转 稳 定 显著 逆转 验证 验证 四、拟解决的关键问题 揭示癌症与炎症在外周血CD8T细胞上免疫功能损伤差别的普遍性； 证实正常外周血CD8T细胞中基因表达丰度存在广泛、稳定的秩序关系； 解决基于基因表达秩序关系筛选疾病标志的维数灾难问题。