生物信息学示例.pptVIP

GW-analysis: an introduction Yong-Xiang Lin GW 基本流程 1. 获得相同基因家族的序列 2. 获得保守domain 3. 建库并使用已获得的保守domain进行同源 性搜索 4. 根据搜索结果提取相应序列 5. 使用pfam和smart进行验证并剔除不保守序 列 6. 剔除重复序列 7. 相似性比对构建进化树 如何构建数据库？ 如何根据得到的gene名获得相应的序列？ 如何验证搜到的基因是否具有保守domain？ 如何将候选基因进行基因组定位？ 定位作图软件MapInspect的使用 如何剔除重复序列？ 重复序列定位在基因组中相同的位置，并且序列同源性很高 看这些基因的起始和结束位置可一样（相差一百bp以内），使用同源性比对软件（Mega、ClusterX等）对所有序列进行比对，保留较长的并且domain保守的序列，剔除较短的序列。 如何构建进化树？ * OsIBCD003925 MMGSGMPHMYFASSSHGTGAHYQSPGGAPITMAVPDMGFLVAGIGMAPSSFVMPEGALAASYSAMATVPVGVVVPQQQSSRFGGNNGNPGSFKGAWTRQEDEVLKQMVILHGDRKWATIAKSLPGRIGKQCRERWTNHLRPDIKKDVWTEEDDRMLIEAHKTYGNRWSVIARCLPGRSENAVKNHWNATKRSLKSKRRMKKKSVQVVNSPPGQLSPLEEYIRSQYPSAVETTPLPPAVPAPPSDVIVHGAGSVSAGPTVATQEPTGTNPSEMGIYLGLGNPAGPTTQQLAAMNLNMSLAPDLNAYNDQREGYYLPFVPQGNLHYGMHVPAPPVQQQQQQGISVDQGLHSSCLSLYHPFPGTHPVSLDFGCQSSNHANAGGYYSEAGPSSGSGSGDPDDVD VIQMASRQFLMPSEAEVTLDLTRFK 如何获得相同基因家族的序列？ 查文献，例如找做水稻或拟南芥相同家族 的文献，使用文献中列出的序列 2. 查网站，例如某网站已列出水稻或拟南芥相应家族的序列，便可下载使用 如何获得保守domain序列？ 查pfam（http://pfam.sanger.ac.uk/） 复制保守domain序列 保守domain名称 搜索结果 dnatools 软件的应用 构建蛋白数据库 构建核酸数据库 粘贴pfam得到的保守domain序列，并且格式化 格式化 如何进行同源性比对搜索？ 参数设置 获得比对结果 保存比对结果 3. 如果所有得到的基 因数目数目是80且都 有保守domain，则要 删除这80个基因重新 建库，再次搜索以穷尽 所有可能基因 2. 抽提相应的基因 序列，进一步验证 是否含有保守domain UltraEdit 软件的使用 使用UltraEdit 打开库文件 使用搜索功能并复制基因名 将得到的每个序列分别存入文本文档 Search pfam database （ http://pfam.sanger.ac.uk/） 2. Search smart database （http://smart.embl-heidelberg.de/） 染色体 起始位置 结束位置 文件格式 染色体长度（Mb） 基因在染色体上的位置（Mb） 几号染色体 Mega 4.0 软件的使用 首先进行序列比对 ClusterW 同源性比对 NJ法构建进化树 *