03序列相似性搜索1讲述.ppt

BLAST format options BLAST format options: multiple sequence alignment threshold score = 11 EVD parameters BLOSUM matrix Effective search space = mn = length of query x db length 10.0 is the E value gap penalties cut-off parameters We will get to the bottom of a BLAST search in a few minutes… BLASTP Searching with a multidomain protein, pol Searching bacterial sequences with pol BLAST program selection guide 四、专门的BLAST服务器 Specialized BLAST servers Organism-specific BLAST sites /index.html Local (本地化) BLAST Why Local BLAST? Bigdata, Slow, limitations How to perform Local BLAST? 1. Download Local BLAST program; 2. Installation; 3. Prepare database and query sequence 4. Local BLAST running 程序下载 链接到：/blast/executables/blast+/LATEST 下载最新的BLAST+程序包，推荐版本ncbi-blast-2.2.28+-ia32-win32.tar.gz（绿色版windows32位系统）, 其他版本：ncbi-blast-2.2.28+-win32.exe适用于windows32位系统，ncbi-blast-2.2.28+-win64.exe 适用 Windows 64 位系统，请注意选择。 Step 1: Download Local BLAST program Windows 64 bit Linux 64 bit Macosx 64 bit Step 2: Installation 更改到合适位置 设置环境变量 Step 3: Prepare database and query sequence 下载数据库或者测序数据(作为subject) 命名为database.fasta (名字任取但格式必须是 fasta) 将数据库文件拷入X:\Local_Blast\blast-2.2.31+\db 备用 同样将用来比对的序列整理成为query.fasta文件，与数据库文件保存到相同路径下，备用 在X:\Local_Blast\blast-2.2.31+\ 路径下新建db文件夹 Fasta格式文件： miR156 GCUCACUCUCUAUCCGUCACC Step 4: Local BLAST Running 调出MS-DOS命令行, 转到X:\Local_Blast\blast-2.2.31+\db文件夹下 makeblastdb.exe -in database.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype prot -in 参数后面接将要格式化的数据库; -parse_seqids, -hash_index两个参数一般都带上，主要是为blastdb cmd取子序列时使用; -dbtype 后接所格式化的序列的类型，核酸用 nucl，蛋白质用prot; 数据库格式化 所需时间：与数据库大小成正比 Local BLAST blastn.exe -task blastn -query mature.fa -db Gmax_189_cds.fa -evalue 0.1 –outfmt “7 -out mature_miRNA_againist_Gmax_out.txt blastn.exe 程序执行命令，exe 前的程序根据自己的需要而换； -task 后面选择你所要用的程序，blastn,blatp,tblastx 等； -query 后接查询序列的文件名称； -db 后接格式化好的数据库名称； -evalue E值，必须大于0 -outfmt 输出文件格式选项，默认为0，输出pairwise，6为表格输出 -out 后接要输出的文件名称及格式； 结果