5DNA序列课稿.ppt

第五章 DNA序列分析 DNA 的序列分析有两种基本方法， Maxam-Gilbert 化学降解法和 Sanger 酶学法。因为测序每个反应读取的序列是有限的，做长片段 DNA 或基因组测序时，需要选用一定的策略。测序的策略有 primer walking ，随机测序，定向测序等。现在全自动测序仍然沿用 Sanger酶学法，但是在标记上作了改进。 DNA 测序结果通过生物信息学分析，获取需要的信息。 5.1 Maxam-Gilbert 化学降解法 1977年， A.M. Maxam 和 W. Gilbert 首先建立了 DNA 片段序列的测定方法，其原理为：将一个 DNA 片段的 5’端磷酸基作放射性标记，再分别采用不同的化学方法修饰特定碱基，然后用哌啶进行特异裂解，从而产生一系列长度不一而 5 端被标记的 DNA 片段，这些以特定碱基结尾的片段群通过凝胶电泳分离，再经放射线自显影，确定各片段末端碱基，从而得出目的 DNA 的碱基序列。 化学降解测序法的基本步骤 硫酸二甲酯[（CH3O）2SO2]是一种碱性化学试剂，可以使 DNA 链上的腺嘌呤 A 的 N2 和鸟嘌呤 G 的 N７ 甲基化，但是鸟嘌呤 G 的 N７ 甲基化速度比腺嘌呤 A 的 N2 甲基化速度要快 4-10 倍，并且在中性 pH 环境中， DMS 主要作用于鸟嘌呤 G ，使之甲基化，导致糖苷键断裂。 哌啶甲